采用计算方法的组合式蛋白质设计策略实验

蛋白质实验

最新修订时间：2022-02-10

简介

计算方法一直在蛋白质设计中发挥重要作用。本工作主要集中在搜索蛋白质序列空间，以找到一条或数条与已知结构和功能相容的蛋白质序列。在期望的功能和结构限制下，概率性计算方法为所容许的氨基酸变化范围提供信息。本实验来源「现代蛋白质工程实验指南」〔德〕K.M.阿恩特、K.M.米勒编著。

来源：丁香实验

操作方法

采用计算方法的组合式蛋白质设计策略

蛋白质设计中的概率性方法是提供在一个特定的蛋白质结构中对某氨基酸（出现）在一指定位点的概率估计。这里，我们讨论几种估计这些概率的方法并将重点放在直接解出这些概率的基于熵的自洽公式。 2.1 关联序列的比对蛋白质结构的序列可变性可用序列和结构数据库来探讨。已知折叠为非常相似结构的序列可以从蛋白质数据库或结构比对数据库中鉴别出来 [48] 。如果一个序列的结构已知，具有足够序列相似性的 [ 如序