碱变性法提取质粒DNA
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【基本原理】
普遍采用的碱变性法具有操作简便、快速、得率高的优点。其主要原理是,利用染色体DNA与质粒DNA的变性与复性的差异而达到分离目的。
在碱变性条件下(pH 12.6),染色体DNA的氢键断裂,双螺旋结构解开而变性,质粒DNA氢键也大部分断裂,双螺旋也有部分解开,但共价闭合环状结构的两条互补链不会完全分离,当以pH 4.8的乙酸钠将其pH调到中性时,变性的质粒DNA又恢复到原来的构型,而染色体DNA不能复性,形成缠绕的致密网状结构,离心后,由于浮力密度不同,染色体DNA与大分子RNA、蛋白质SDS复合物等一起沉淀下来而被除去。
分离质粒DNA的方法一般包括3个基本步骤:培养细菌使质粒扩增;收集和裂解细菌;分离和纯化质粒DNA。
【器材】
1.1.5ml Eppendorf 管
2.微量加样器
3.培养皿
4.台式高速离心机
5.高压灭菌锅
【试剂】
所有的试剂均需高压灭菌(有机溶剂除外)
1 .溶液 I | 50mmol /L 葡萄糖 |
| 25mmol/L Tris -Cl ( pH8.0 ) |
| 10mmol/L EDTA ( pH8.0 ) |
2 .溶液 II | 0.2mol/L NaOH |
| 1%SDS |
| 临用前配制 |
3 .溶液 III | 5mol/L 乙酸钾 60ml |
| 3mol/L 冰乙酸 11.5ml |
| ddH 2 O 28.5ml |
| pH 5.2 |
4 . RNase A : | 10mg/ml |
5 . TE 缓冲液: | 1mmol/L EDTA in 10mmol/L Tris-Cl ( pH8.0 ) |
6 . Tris-Cl ( pH8.0 )饱和苯酚 |
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7 .氯仿 / 异戊醇( v/v ): | 24/1 |
8 . 70% :乙醇 |
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9 . LB/Amp : | LB/ 氨苄青霉素( 50 μ g/ml ) |
【操作步骤】
1.从选择性培养平板上取出一个菌落,移至含有2ml LB/Amp培养基的试管中。在37℃条件下振荡培养12-16h。
2.将1.5ml培养物移至1.5 ml Eppendorf管中,4000 rpm离心8min。
3.弃上清,将细菌沉淀悬浮在100μl预冷的溶液I中,并加入2.5μl RNase A(10mg/ml)。
4.加200μl新配制的溶液II, 盖紧管口。快速颠倒离心管5次使内容物混合、放置冰上5min。
5.加150μl预冷的溶液III,盖紧管口。将管颠倒5-8次,冰上放置20min。
6.离心(1000rpm,4℃,5min),将上清转移到另一离心管中。
7.加等体积苯/氯仿/异戊醇,振荡混匀,离心同上。
8.将水相移至另一离心管中,加入2.5倍体积的无水乙醇混匀后置冰上20min。
9.10 000rpm 4℃离心10min。
10.弃上清,加入0.5ml 70%乙醇洗涤DNA沉淀,离心弃上清,在空气中使质粒DNA干燥10min。
11.将质粒DNA溶于20μl,ddH2O中,4℃保存。