研究发现某些检测方法可能低估了癌基因突变数量

美国俄亥俄州哥伦布(COLUMBUS, Ohio)消息，科学家通过对突变检测方法的比较研究发现，人们以前可能低估了存在于乳腺与卵巢肿瘤易感患者身上的关键基因突变数量。这个突变研究新发现对临床肿瘤遗传学家和他们的患者都具有深远的意义。

这项研究发表于2001年12月11日的医学遗传学杂志(Journal of Medical Genetics)上。他们用四种不同的方法去比较两类与乳腺和卵巢肿瘤发生强相关性的长片段基因：BRCA1和BRCA2，来确定哪一种方法能够最有效的发现存在于基因上的突变。他们希望发现用以上四种突变检测技术，能够为遗传流行病学建立一个客观的检测依据。

科学家以前的研究显示在BRCA1和BRCA2两个基因都存在突变的妇女中，有56-87 %的人会患乳腺癌，有27-44%的人会患卵巢癌。而流行病学的研究则显示，只有不到5%的乳腺癌患者会带有这两种突变。

最近一项由俄亥俄州立大学临床癌症遗传学计划主席Charis Eng博士和犹他州盐湖城Myriad遗传学实验室Tom S. Frank博士领导的研究显示，后者的数据明显偏低，这可能是由于遗传突变筛选的方法造成的。

Eng说，对突变最直接的遗传学检测就是对DNA片段进行直接测序，但这种方法过于昂贵，而且极为耗费劳动力。因此很多实验室在进行BRCA1 和BRCA2基因的流行病学研究时，都选择了一些快捷而便宜的筛选方法。

在乳腺癌信息中心(Breast Cancer Information Core)的赞助下，他们就目前的一些筛选方法与基因测序方法进行了比较。收集了65份样品，其中58个含有BRCA1的突变。然后将这些样品送往四个试验室，分别采用不同的筛选方法对样品进行检测。

这四个实验室是：美国德克萨斯大学医疗研究中心(University of Texas Health Science Center) Jan Vijg 博士的实验室，西雅图Fred Hutchinson 癌症研究中心Elaine Ostrander 博士的实验室，荷兰雷登大学(the University of Leiden)的实验室和奥地利维也纳大学Teresa Wagner博士的实验室。

他们各自采用的方法分别是：SSCP (DNA单链构象多态性分析)、CSGE (构象敏感凝胶电泳)、TDGS (二维基因扫描技术)和DHPLC (变性DNA 高效液相层析技术)。

结果只有采用DHPLC法的实验室检测出了先前用测序方法确定的所有的突变。

采用TDGS法的实验室只正确地鉴定了91%的突变。采用SSCP和CSGE法的实验室则分别正确鉴定了72%和76%的突变，它们的碱基替换鉴定率更低，分别为65%和60%。SSCP 和CSGE法有超过20%的突变根本就没有鉴别出来。

Eng说，这种检测的失误，既有人为的原因，也由于方法本身存在缺陷的原因。这种检测失误造成人们以前对BRCA1的突变实际是低估了。

例如，以前的一项研究用SSCP法发现BRCA1的突变率为3.3%，现在看来实际突变率可能要接近5%。还有一项临床遗传风险研究用CSGE法对肿瘤患者的BRCA1进行突变检测，称检测到16%的突变，现在看实际突变率可能要接近27%。

临床肿瘤学家要用这些流行病学实验数据向其患者提供咨询意见并进行治疗管理，因此必须使这些数据尽量可靠。

这项研究对有肿瘤家族史的妇女有着更大的意义，以前用SSCP和CSGE方法对 BRCA1和BRCA2 基因所作的遗传学检测有可能遗漏重要的突变，这会使他们放松对癌症的警惕，以致不能早期发现与治疗。

科学家也就除直接测序以外的其它方法的检测费用进行了比较，结果检测效果最好的DHPLC法，检测费用也最高。他们认为随着技术的提高，各种方法的检测效率会相应的提高，检测费用则会越降越低。

这项研究还得到美国国立卫生研究院(the National Institutes of Health ), 荷兰癌症协会(the Dutch Cancer Society )和 Ludwig-Boltzmann Institut fuer Experimentelle Onkologie的资助。

本项研究的部分研究人员来自Myriad遗传实验室，他们负责对样品的BRCA1和BRCA2基因商业测序。