蛋白质组分析方法--MS／MS

由于当前的质谱仪器能够特异性地选择和拆碎肽，在计算机的帮助下，可以利用源后衰变(post-source decay，PSD)或碰撞诱导解离(collisioninduced dissociation，CID)获得的图谱来测定序列标签和肽的全序列。

另外的肽序列信息使蛋白质鉴定减少了不确定性，而且在蛋白质没有列入蛋白质序列数据库时，可以搜索表达序列标签(expressed sequence tag，EST)数据库或者核酸数据库来鉴定蛋白质，或者可以从不同的蛋白质混合物中鉴定高可信度的肽。

有一系列蛋白质鉴定工具可以处理这些所谓的MS／MS数据(或串联质谱数据)，这些工具包括SEQUEST(Eng，McCormack和Yates，1994)、Mascot(Perkins等，1999)、SONAR(Fenyo，2000)等。

在所谓的MS／MS或串联质谱处理过程中(McCormack等，1997；Ducret等，1998；Perkins等，1999)，常采用一个特别的蛋白质水解步骤来处理蛋白质，然后这些肽单独地用MS仪器进行分析，这就像PMF处理一样，但所采取的处理方式比PMF精细得多。

经处理后，肽可以以混合物的形态进入MS过程，也可以经过一个联机的RP―HPLC分离之后进入。MS仪器然后会个别分离进入的肽，并将这些肽裂解成更小的碎片。获得的图谱对于每一个单独的肽是特异的。

这些数据可以用专门的MS／MS鉴定工具来解释，以便依据数据库中的登录条目鉴定出肽和蛋白质。

在质谱仪中，肽离子不可能在任意位置碎裂。当用蛋白质组分析的质谱仪器作用时，肽主链优先携带了键断裂位置(Hunt等，1986；Kinter和Sherman，2000)。对于母离子信号来说，只有携带至少一个电荷的碎片才能被检测到。

在一般公认的命名法中，对电荷保留在N端的碎片，其离子标记为，b或c；对电荷保留在C端的碎片，其离子标记为x、y或2(Roepstorff和Fohlman，1984；Biemann，1988)。下角码显示的是碎片的残基数。

最常见的裂解位置是连接两个相邻残基的酰胺键。这种断裂方式产生了初试的b离子和y离子。碎片图谱可能理论上包含b离子和／或y离子的系列。在这样的图谱中，两个相邻的b离子或y离子的质量差别对应于一个氨基酸残基的质量。

从质量差别的系列中，可以完整抽提出和“读”出肽的序列。