蛋白质组学全面超过基因组学

在世纪之交，人们将目睹侧重点从DNA测序及mRNA谱分析到蛋白质组学的戏剧性转变。客观地说，期盼蛋白质组学全面超过基因组学的理由很充分，但实现这一转变将取决于那些能够处理蛋白质非理想特征的科学家……

上述的预言是古希腊底比斯(Thebes)的盲人占卜者提瑞西阿斯(Tiresias)预测的吗?提瑞西阿斯虽然很聪明，但他也无法预测他被克瑞翁(Creon)派来的人暗杀。实际上，上述预言来自安德逊(Anderson)父子俩(1998)，这对著名的父子在当时创立了现代蛋白质组学科。

功能基因组领域存在着一种顽固的信条，需要一个有力的实证来转变这种概念。多年来，它们一直在传播的一个信念是，获得任何生物相关过程中的上游、下游调节的资料(从癌到个体发生)不必进行蛋白质层次的研究，人们只需要知道mRNA水平的分布图(profile)就行了。

对这个信念的一个巨大打击来自于1997年，当时安德逊提交了一篇论文(第三届锡耶纳会议论文集)，文中第一次提到了mRNA图与细胞基因产物的蛋白质丰度的多基因比较，发现二者的相关系数是0．43(Anderson和Seithamer，1997)，这一发现引起了值得注意的评论。

今天在蛋白质组领域已经不仅有一些圣火在燃烧――实际上是整个舞台都在燃烧着大火――来自不同科学角落的发掘者都在这个母矿藏的寻宝活动中进行着越来越深入的挖掘。

因为现状就是今天没有人是为了纯科学的兴趣从事这个行业，绝大多数人是受利益驱动，如为了绿色的美元、多彩的欧元、日元以及能叫出名称的各种钞票(包括现在已经消失的卢布)。

为这种激烈的挖掘行为提供了一个解释：蛋白质是药物靶标，所以不仅是制药工厂就连这个领域的所有研究人员都来寻找具有关键活性的蛋白质，活性中心定向药物可以引起这些蛋白质的调制。

在这些蛋白质中，52％是细胞膜受体，这也给了人们一种感觉，即这个领域的研究是多么复杂，在全部的细胞溶解物中，膜蛋白受体是其中丰度最少的组分，因而对受体的检测需要特殊的技能和技术，这在本章有所说明。

蛋白质组研究的一个局限是人们只能看到冰山的一角，而数量巨大的珍贵和稀有的蛋白质则仍然在人们的视线之外。意识到这一点可以说不难，只要看看每周、甚至每日出版的大量的论文就可以知道。

在利用质谱分析斑点以及给出鉴定时，有一点是很清楚的，即不同的实验室都是在“重新发现”，一而再、再而三地在研究一些同样的蛋白质组合，也就是说，研究那些最富产的蛋白质，一般来说，这都是一些持家蛋白和结构蛋白，稀有的(和珍贵的)蛋白质在点名册上看不到。

全面总结这个领域海量的文献和方法学不太可能，只能讨论一些热门的、最近的研究主题和进展。