2-DE 蛋白质组学的 PROTICdb 数据库
丁香园
1360
1. 前言
聚丙烯酰胺双向电泳 [1] 和质谱分析是分离一个组织中的蛋白质（2D 电泳图谱)以及鉴定差异蛋白表达的有用工具。
一个典型的蛋白质组实验会得到几张双向电泳胶板和相应的几百甚至几千个蛋白质点的图形、定位和定量数据及其质谱信息。最后数据必须综合、比对转化成生物学假设，这项工作并不轻松，因为它包括了许多不相干的技术和方法以及大量的数据。
开发 PROTICdb 数据库是为了处理植物蛋白质组学中从 2D 聚丙烯酰胺电泳和质谱分析得到的所有数据 [5] 。该数据库可以自动建立与外部序列数据库的链接，并用基因本体（GO) 术语注释蛋白质，为用户提供一个链接公共功能信息的接口。那些对学者或数据分析有价值的，来自生物学家的，与蛋白质点相关的发现和结论可被存储在 PROTICdb 的知识库中。我们已经可以在两个蛋白质点之间建立二元关系，如匹配度、等位性和翻译后修饰。通过分析这些关系，PROTICdb 数据库能推断出新的关联，建立蛋白质点的网络，将鉴定数据从一个点扩展到相同蛋白质点网络中的其他成员，所以，当一个新的关联加入到数据库后，或许能完成之前实验得到的蛋白质点的注释。
http: //cms. moulon. inra.fr /content/view/14/44/ 网站免费提供 PROTICdb (仅限于工具），而且还在继续更新。本章介绍的是 1.0. 7. 版本，未来的版本将包括一个先进的查询工具，使用者可用此查询工具进行反复查询，操作每一个新的步骤，用户都可以根据需要进行更加精确的查询。
聚丙烯酰胺双向电泳 [1] 和质谱分析是分离一个组织中的蛋白质（2D 电泳图谱)以及鉴定差异蛋白表达的有用工具。
一个典型的蛋白质组实验会得到几张双向电泳胶板和相应的几百甚至几千个蛋白质点的图形、定位和定量数据及其质谱信息。最后数据必须综合、比对转化成生物学假设，这项工作并不轻松，因为它包括了许多不相干的技术和方法以及大量的数据。
开发 PROTICdb 数据库是为了处理植物蛋白质组学中从 2D 聚丙烯酰胺电泳和质谱分析得到的所有数据 [5] 。该数据库可以自动建立与外部序列数据库的链接，并用基因本体（GO) 术语注释蛋白质，为用户提供一个链接公共功能信息的接口。那些对学者或数据分析有价值的，来自生物学家的，与蛋白质点相关的发现和结论可被存储在 PROTICdb 的知识库中。我们已经可以在两个蛋白质点之间建立二元关系，如匹配度、等位性和翻译后修饰。通过分析这些关系，PROTICdb 数据库能推断出新的关联，建立蛋白质点的网络，将鉴定数据从一个点扩展到相同蛋白质点网络中的其他成员，所以，当一个新的关联加入到数据库后，或许能完成之前实验得到的蛋白质点的注释。
http: //cms. moulon. inra.fr /content/view/14/44/ 网站免费提供 PROTICdb (仅限于工具），而且还在继续更新。本章介绍的是 1.0. 7. 版本，未来的版本将包括一个先进的查询工具，使用者可用此查询工具进行反复查询，操作每一个新的步骤，用户都可以根据需要进行更加精确的查询。
