loveliufudan
蛋白组学研究相关的公共数据库主要包括:
1. UniProtKB:最权威的蛋白序列数据库,收集来自各物种的蛋白序列和功能注释。
2. PRIDE:最大的蛋白质组数据仓库,收集已发表实验的原始数据。
3. PeptideAtlas:整合多种物种的肽段组数据资源。
4. MassIVE:大规模公共MS原始数据仓库。
5. GPMDB:全球蛋白质组数据库,包含高通量数据。
6. PDB:蛋白质结构数据库,收集蛋白质三维结构。
7. OMIM:收录与人类蛋白相关的遗传学数据库。
8. Reactome:整合蛋白通路和相互作用数据的数据库。
常用的检索标准:
1. 蛋白名称或标识码,如基因名称或Uniprot ID。
2. 物种名称,如human或mouse。
3. 关键词,如组织名称、疾病相关词汇等。
4. 高级检索允许组合多种条件来限定结果。
根据研究目的选择合适的数据库并用恰当的关键词进行查询,可以获取需要的信息。
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常用的数据库有
UniProt,InterPro,IUPHAR-DB,标准主要与检索的蛋白类型相关
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1.UniProt(The Universal Protein Resource)
简介:提供详细的蛋白质序列、功能信息,如蛋白质功能描述、结构域结构、转录后修饰等,同时提供其他数据库,包括序列数据库、三维结构数据库、2-D凝聚电泳数据库、蛋白质家族数据库的相应链接
2.PIR(Protein Information Resource)
简介:与90多个生物数据库(蛋白家族、蛋白质功能、蛋白质网络、蛋白质互作、基因组等数据库)存在着交叉应用,可提供及时的、高质量、最广泛的注释
3.BRENDA(Enzyme database)
简介:酶数据库,提供酶的分类、命名法、生化反应、专一性、结构、细胞定位、提取方法、文献、应用与改造及相关疾病的数据
4.CORUM(Collection of experimentally verified mammalian protein complexes)
简介:哺乳动物蛋白复合物数据库,提供的数据包括蛋白复合物名称、亚基、功能、相关文献等
5.CyBase(Cyclic protein database)
简介:环状蛋白数据库,提供环状蛋白的序列、结构等数据,提供环化蛋白预测服务
6.OKCAM
简介:人体细胞粘附分子数据库
7.GELBANK
简介:提供全基因组的二维凝胶电泳图谱,搜集了已知基因组信息生物的蛋白质组二维凝胶电泳图。可通过描述相对分子质量、等电点和蛋白质序列信息进行快速检索
8.SWISS-2DPAGE
简介:提供人类、小鼠、大肠杆菌、酿酒酵母、盘基网柄菌的2D-PAGE参考图
9.SysPIMP(Systematical Platform for Identifying Mutated Proteins)
简介:通过质谱技术建立的蛋白质突变数据库
10.Sys-BodyFluid
简介:人体体液蛋白组研究数据库
11.DB-PABP
简介:聚阴离子结合蛋白数据库
12.IUPHAR-DB
简介:G蛋白偶联受体、离子通道数据库
13.GLIDA
简介:G蛋白偶联受体-配体数据库
14.LOCATE
简介:哺乳动物蛋白质亚细胞定位数据库
15.InterPro
简介:蛋白质综合数据库,从大量的数据库中整合而成的包括蛋白质结构域、蛋白质家族、功能位点等信息的数据库
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