利用单分子分析 “看到” RNAi
锐博生物
在RNAi过程中，siRNA会识别mRNA上的靶点区域，并引导AGO等多种蛋白在该区域组成一个沉默复合体（RNA-induced silencing complex，RISC），在该区域的特殊位点将mRNA切开，造成mRNA降解，但这个靶点识别、切割及释放的具体过程及分子机制并不清晰。
7月2日发布的Molecular Cell中，来自东京大学和第三军医大学的研究者利用单分子成像分析技术，成功地解析了RISC的工作过程。
实验结果表明，在RNAi最初的识别阶段，RISC主要依靠siRNA 5’ seed region来识别mRNA靶点区域，5’ seed region突变会大大提高RISC靶点识别时间，而3’ supplementary region则主要负责阻止RISC进入剪切状态，可能与避免siRNA产生脱靶效应有关。
在RISC结合到mRNA靶点区域后，则有可能基于siRNA 5’ seed region和3’ supplementary region内序列GC含量差别产生两种剪切释放形式：若5’ seed region中GC含量相对较高，RISC会将mRNA剪切位点至3’端片段释放。
保留mRNA与siRNA的3’端supplementary region的配对状态，若3’ supplementary region中GC含量相对较高，RISC则会将mRNA剪切位点至5’端片段释放，保留mRNA与siRNA的5’端seed region的配对状态。
单分子分析判断RISC剪切形式
荧光能量共振转移（Fluorescence Resonance Energy Transfer，FRET）是距离很近的两个荧光分子间产生的一种能量转移现象。
当供体荧光分子的发射光谱与受体荧光分子的吸收光谱重叠，并且两个分子的距离在10nm范围以内时，就会发生一种非放射性的能量转移，即FRET现象，使得供体的荧光强度比它单独存在时要低的多（荧光猝灭），而受体发射的荧光却大大增强（敏化荧光）。
