只看这张图，就知道ChIP测序的钱没白花
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Peak在TSS上下游的分布图是ChIP测序中非常关键的一张图。有这张图，我们就能知道目的蛋白（组蛋白或转录因子）在转录起始位点（TSS）及上下游附近的整体分布/结合情况。
图中横坐标为基因位置，纵坐标为reads的覆盖深度，它可以反映目的蛋白分布情况。input由于没有富集，其reads通常分布较低，而IP对目的蛋白及其结合序列的富集作用则会使reads覆盖深度提高，产生相应的结合峰。TSS上下游通常是组蛋白和转录因子主要结合、调控的区域，所以也是大量出现结合峰的区域，那么我们从这一张图，就能判断ChIP测序是否成功，钱花得值不值。
更有意思的是，我们在多个H3K4me3的ChIP测序项目中都观察到了相似Peak分布图：TSS附近出现非常明显的结合峰，长度约2kb。
（项目KC2018-CXX，动物组蛋白H3K4me3）
（项目KC2018-CXX，动物组蛋白H3K4me3）
（项目KC2018-CXX，植物组蛋白H3K4me3）
（项目KC2018-CXX，植物组蛋白H3K4me3）
这与文献中报道的H3K4me3在基因上的分布特征相吻合，集中分布在TSS富集。
（Li B , Carey M , Workman J L . The Role of Chromatin during Transcription[J]. Cell, 2007, 128(4):0-719.）
而在转录因子的ChIP测序项目，我们发现，Peak在TSS上下游的分布则不太相同。
（项目KC2017-BXX，动物某转录因子ChIP测序，peak主要位于TSS上游）
（项目KC2018-CXX，动物某转录因子ChIP测序，peak主要位于TSS附近和TES下游）
（项目KC2018-CXX，植物某转录因子ChIP测序，peak主要位于TSS上下游）
（项目KC2018-CXX，动物某转录因子ChIP测序，TSS及上下游较大范围内有不规则的Peak）
（项目KC2018-CXX，动物某转录因子ChIP测序，3个生物学重复，TSS及上下游较大范围内有不规则的Peak）
细细想来，这正是转录因子的结合特性所至，在转录起始位点上游有启动子、增强子等调控元件，这些区域正是转录因子结合、发挥作用的位置，而在转录终止位点之后也有诸如沉默子、绝缘子这样的调控元件，也是某些转录因子结合的位置，不同的转录因子结合、调控不同的序列、元件，那么我们看到的reads分别自然有所差别了。这不也正是我们想要探索、阐明的转录因子特性及调控方式吗？
