ChIP数据分析：ChIP结果图来PK，谁才是发文的香饽饽？
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ChIP测序中关键的结果图，这些结果即体现了ChIP实验和测序的成功，可以帮助我们了解目的蛋白的结合甚至调控特征，都是撰写文章可以利用的极佳素材。说了这么多好像还是不太会用，没关系，我们结合发表的文章，让它们一较高下。
1. Peak在TSS上下游的分布图
这张图实际包括两部分，上部整体展示了基因转录起始位点（TSS）及上下游的input和IP的reads的覆盖深度分布，可以看出结合峰主要位于TSS附近，下部就详细展示了每一个基因TSS上下游的reads覆盖深度，红色表示覆盖深度高、目的蛋白结合多。我们在不少文献中都可以看到这张图，既可以完整展示，也可以部分展示。
两组样本（蓝色和橙色）组蛋白修饰H3K27ac分布，同一基因（位点）在一组中修饰程度较高，而在另一组中修饰程度较低。（图片来源：TMPRSS2–ERG fusion co-opts master transcription factors and activates NOTCH signaling in primary prostate cancer）
不同温度条件对组蛋白H3K36me3修饰的整体丰度产生影响。
（Histone H3 lysine 36 methylation affects temperature-induced alternative splicing and flowering in plants）
不同类型（T、M、N、P）样本的H3K27ac修饰分布差异，M组在整体及多个基因的H3K27ac修饰均高于T组。（图片来源：Enhancer Reprogramming Promotes Pancreatic Cancer Metastasis）
Peak在TSS上下游的分布图侧重于整体展示目的蛋白的结合、分布情况，较多用于组蛋白修饰在全基因组范围的分布，因为组蛋白修饰在全基因组范围分布较广。
2.reads在Peak关联基因上的分布图
选取筛选到Peak的某些关键基因作图，展示该基因上目的蛋白的结合分布，横坐标显示基因位置，纵坐标表示reads覆盖深度，比较IP和input的reads覆盖深度可知目的蛋白结合位置。相比Peak在TSS上下游的分布图，它更有针对性，也更加直观。
它侧重展示目的蛋白在某个关键基因的特殊位点的结合、分布情况，在阐述转录因子的结合位点及调控机制时，能起到较好的作用。
转录因子复合体AETFC中的AML1-ETO、E2A、HEB、LMO2均结合基因BPI而非E2-2（TCF4）。（图片来源：Different roles of E proteins in t(8;21) leukemia: E2-2 compromises the function of AETFC and negatively regulates leukemogenesis）
基因unc-104、linc-73附近的组蛋白修饰分布（图片来源：Systematic evaluation of C. elegans lincRNAs with CRISPR knockout mutants）
而且它还可用于不同组样本（不同处理条件）的差异结合峰的展示：
比较AD组和Control组，寻找差异结合峰，overlay的标红区域为差异结合位置。（图片来源：A histone acetylome-wide association study of Alzheimer’s disease identifies disease-associated H3K27ac differences in the entorhinal cortex）
两种展示方式各有侧重，根据自己的需要灵活运用吧。
