如何用 pathway builder tool 软件做出漂亮的信号通路图？

缺点：软件反应比较慢，分子结果不够全面，比如没有 LncRNA 与 microRNA 分子图。

一、软件功能简单了解

1. 下拉软件右侧 Templetes 对话框，会出现各种信号通路模式图

①PATHWAY TEMPLATES 下方四张图为简单的信号通路模式图

②PREMADE PATHWAYS 下方为已完成的信号通路。

2. 下拉 Organelles(细胞器) 对话框，会出现各种细胞器结构。

①MAMMALIAN MEMBRANS 为哺乳动物膜

②MEMBRANES(OTHER ORGANISMS) 为其他生物体的膜。

注：若不知道相应图片的结构，可将鼠标拉至图片中，软件会自动显示对应的结构名。

3. 下拉 Molecules (分子) 对话框，会出现各种分子结构。

①ACCESSORY MOLECULES 表示附属分子

②RECEPTORS 表示受体分子

③MOLECULES 表示各类生物大分子

④CHEMICAL STRUCTURES 表示化学方程式

4.Arrows 为各类箭头

①ACTIVATION ARROWS 为起激活或促进作用的箭头，箭头指向被激活或促进的一方

②INHIBITION ARROWS 为起抑制的箭头，箭头所指为被抑制的 一方

③BINDING ARROWS 为捆绑箭头，箭头指向被捆绑或结合的一方

④LINES 表示线性箭头，当上游信号分子作用于多个下游信号分子时，可用线性箭头表示分支。

5.Miscellaneous 对话框中的结构是对以上列表的补充

①ACCEDDORY ITEMS 表示对人体、器官、组织、细胞或分子的作用，如剪切、辐射、药物处理或者注射等

②CELLS 表示不同类型的细胞

③ORGANISMS 表示不同物种的形态结构

④BODY ORGANS 表示人体的各类器官

⑤HUMAN ANATOMY 表示人体结构

6、快捷键

注：对任意部位进行更改时，必须左键单击选中所更改的对象，再做更改。更改过程需谨慎，软件无法撤销更改。

二、作图步骤

1. 查找文献

查找信号通路的信号转导机制，MicroRNA 或 IncRNA 对靶基因的作用机制以及靶基因对下游信号通路的作用机制。

2. 确定模板

打开 Pathway + Builder +Tool+ 2.0 压缩包，双击 pbtoolv2.exe，打开软件后，在软件右侧 Templates 选项下选择最适合的通路模板。若软件中的信号通路模板与自己想要做的信号通路的相似性不大，直接开始作图。

3. 选择背景

建议一开始将背景选为白色或其他浅色系，因为黑色背景不方便添加文本。

4. 作图建议

建议作图步骤：由外（细胞膜外）及内（膜内），由上游至下游。

可先将信号通路机制做出来之后，再将 MicroRNA 或 LncRNA 对靶基因的作用机制以及靶基因对下游信号通路的作用机制放在之后做，这样思路清晰就不容易出错。

三、保存图片方法

1. 常规保存方法：点击左上角「File」，选择「Save project」，进行保存，在此操作基础上保存的文件是可以修改的。

2. 其它保存图片的方法：

①点击 Save as Image，在弹出的对话框中对文件进行命名，并选择保存类型为 jpg 格式，将保存为 jpg 格式的图片以画图软件打开，裁剪信号通路图并进行保存。

②登陆 QQ，快捷键 Ctrl+Alt+A 截屏，截取信号通路图，在 Word 中粘贴，右键选择另存为图片。

③若有截屏软件，可直接截屏并保存

四、实操案例分析

以「miR- 143 - 5p 靶向 Runx2 调控 OPG/RANKL 信号通路在人牙髓干细胞向成牙本质细胞分化和牙髓损伤修复中的作用」为例

第一步：查找文献

通过文献：「RANK/RANKL/OPG 信号通路的研究进展」，查找到信号通路，并进行信号转导的机制。同时下调 miR- 143 - 5p 可促进 Runx2 表达并调控 OPG/RANKL 信号通路，从而促进人牙髓干细胞向成牙本质细胞分化，进而修复牙髓损伤。

第二步：作图

1. 打开 Pathway + Builder +Tool+ 2.0 压缩包，双击 pbtoolv2.exe，打开软件。

2. 根据从由外（细胞膜外）及内（膜内），由上游至下游的方法，首先加入细胞膜与膜上的受体；根据参考文献得知，PANK 为Ⅰ型跨膜蛋白，RANKL 为配体，以三聚体的形式与 RANK 结合，从而激活 RANK 启动信号转导途径。而 OPG 以二聚体的形式竞争性结合 RANKL 三聚体，使 RANKL 失活。

3. 表示出 RANK 下游信号分子之一 JNK 的作用方式。

4. 表示出 RANK 下游信号分子之一 NF-kB 的作用方式。

5. 表示出 miR- 143 - 5p、靶基因 Runx2 与 OPG/RANKL 信号通路的关系。

第三步：更换背景并保存文件

保存步骤参考上述保存图片方法。

信号通路机制图说明 (以案例分析所示信号通路为模板)