请问这种核苷酸同源性和氨基酸同源性分析的图，是用什么软件做出来的呢？

有很多，比如下载一个DNAMAN就可以了！

用的DNA STAR软件进行核苷酸同源性和氨基酸同源性分析

可以通过BioEdit来完成。

可以通过Geneious 来完成

这个可以用R就可以做出来，一般测序公司就给做了