如何使用 GSEA 进行数据分析？

在本篇文章中，将利用 GSEA 官网提供的数据集，介绍如何使用该软件进行分析数据。

一、打开软件，在软件左上角 Download Example datasets，或者直接去该网站进行下载。

http://www.gsea-msigdb.org/gsea/datasets.jsp

在这里，我们将使用 p53 的数据进行分析，将图中红框的三个文件都下载到本地，这三个文件为携带 p53 突变与野生型表达谱、表型文件。在下载数据的时候，首先需要先进行注册，注册只需要邮箱，很简单就能完成。

二、下载完成之后，再回到软件首页，在软件左上角，点击 load data，将刚才下载的三个文件上传。

注意：上传的数据在格式上是有要求的，这个在 GSEA 官网上有说明

点击 load data 之后，右边的界面会出现下图所示画面：

1. 通过浏览电脑本地文件夹上传文件；

2. 上传最近使用过的数据（第一次使用时不会用到这个方法上传数据）；

3. 直接将数据直接拖过来；

4. 对上传的数据类型的具体格式有详细的要求，因此要按照软件要求格式上传数据；

我是直接将下载的数据直接拖进来，然后点击「Load these files!」，之后软件会对将要上传的数据进行检验，除非按照软件要求的格式，否则会报错。

上传成功之后，就会在该界面看到导入的数据：

三、数据准备好之后，下一步就是要进行分析本批次数据了。点击 Run GSEA，此时右边界面会有很多选项，然后根据你的实际情况进行填写就好了。

具体参数设置根据提示进行选择：

1. 表达数据集，在这里为之前下载的 p53_hgu95av2 dataset ；

2. 根据自己数据的情况，点击右边小红框，选择合适的数据集（网络或者本地），这里选择的是 Hallmark；

3. 第一次运行的时候，先用一个小的数，这里选用 5，等成功运行之后可以换成较大的数字；

4. 根据实际情况，点击右边小红框选择想要比较的表型，这里选择 MUT VS WT；

5. 如果上传的表达数据集基因 ID 为测序平台原始的 ID，这里就选择「true」；如果表达数据集为基因名称（gene symbols），那就不需要进行转换，此时选择「false」；

6. 在上传的数据集中，如果每组样本数较多（>= 8），此处选择「phenotype」；如果样本数较少，选择「gene_set」；

7. 如果上传的表达数据集基因 ID 为测序平台原始的 ID，如果第 5 项选择的「true」，那么在此处需要点击右边的小红框选择对应的 chip platform，使得原始 ID 转换为 gene symbols，后者为软件可识别的 ID。

在这些参数设置好之后就可以点击下方的「run」运行。

四、运行过程中，在软件的左下角会显示运行状态，屏幕中间显示完成程度：

五、运行成功之后，点击左下角状态一栏的「success」，然后进入结果分析页面。当出现「success」之后，说明运行成功，但是也会出现「Error」，此时，你就要根据自己数据特点检查各个参数选择是否正确。

六、联网状态下，点击 success 就会转到结果报告页面，在这里有详细的解读，其中 Snapshot 超链接是图形，点开之后就会看到想要的画面了，可以分别点开每一个图进行查看是否为预期中的结果。

结果报告页面的下半部分，还会看到 MUT 与 WT 两者 marker 的热图和基因列表：

到这里，GSEA 的基本分析就完成了，希望可以对你有所帮助！