【求助】关于GSEA的问题
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最近在文献中看到一个新技术:gene set enrichment analysis (GSEA),看不懂这个方法,请高手给解释一下这个方法是怎么一回事。万分感谢
Gene Set Enrichment Analysis分析,就是基因富集分析,它是用统计学的方法分析若干类功能基因簇(gene set)是否在不同的生物样本组中存在差异,通过芯片实验数据的分析,寻找不同样品的差异基因可能与哪些生物学功能相关,为后期实验提供参考。
基因表达谱数据通常包括上万条基因的测量值。基因富集分析的日的是筛选出2组或多组间表达水平有差异的基因集,即富集基因集。基因富集分析具有以下优点:
①基因集按照统一的分类信息进行定义,故差异表达基因集易于解释;
②将基因问已知的相互作用信息用于基因集的定义,有效地利用了先验信息;
③大量模拟实验和实例研究发现采用基因富集分析比单基因分析能获得更多、更有生物学意义的基因信息;
④针对研究目的相同的微阵列实验,筛选出的差异表达基因集大部分是相同的。从而提高了微阵列实验结果的町重复性;
⑤筛选出的富集基因集可用于聚类分析,以便进一步挖掘基因表达相关模式信息。Rubin认为,将基因表达谱数据与外部相关知识相结合进行分析是未来商通最数据分析的发展趋势
常用的基因富集分析方法可概括为两大类,即bottom—up法和top-down法。
http://gbi.agrsci.dk/~pso/RBioC/notes/Gene%20Set%20Enrichment%20Analysis%20presentation.pdf
基因表达谱数据通常包括上万条基因的测量值。基因富集分析的日的是筛选出2组或多组间表达水平有差异的基因集,即富集基因集。基因富集分析具有以下优点:
①基因集按照统一的分类信息进行定义,故差异表达基因集易于解释;
②将基因问已知的相互作用信息用于基因集的定义,有效地利用了先验信息;
③大量模拟实验和实例研究发现采用基因富集分析比单基因分析能获得更多、更有生物学意义的基因信息;
④针对研究目的相同的微阵列实验,筛选出的差异表达基因集大部分是相同的。从而提高了微阵列实验结果的町重复性;
⑤筛选出的富集基因集可用于聚类分析,以便进一步挖掘基因表达相关模式信息。Rubin认为,将基因表达谱数据与外部相关知识相结合进行分析是未来商通最数据分析的发展趋势
常用的基因富集分析方法可概括为两大类,即bottom—up法和top-down法。
http://gbi.agrsci.dk/~pso/RBioC/notes/Gene%20Set%20Enrichment%20Analysis%20presentation.pdf
好早的帖了,但是我现在才准备用GESA,O(∩_∩)O谢谢
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