手把手教你用 Imaris 统计动画里的细胞数据

如果给你一张静态的染色图，你可能觉得 so easy，老板再也不用担心我没有统计结果了。

如果给你一个动画，你会不会傻眼了呢？看着攀爬的细胞，你脑子里闪过高中物理知识，这个细胞迁移长度，位移，速率，轨迹都是重要的参数啊，可是怎么统计呢？

定性的说明不再被买账，而定量的统计结果成为刚需。

今天向大家介绍一个有用的软件「Imaris」，可以自动统计细胞动态迁移图中细胞迁移的各种参数。

具体操作如下

1. 在 Imaris 中点击「open」，点击一下（选中）你导出的 tiff 文件中的一个。注：Imaris 支持几个大型厂商如 Zeiss，Olympus，Lica 显微镜系统默认的文件格式，如果你使用的不是这些，你可以将拍摄的系列图片转化为系列命名的 tiff 文件供 Imaris 软件打开。

2. 点击界面下方的「Settings」按钮，在弹出的界面将 tiff 后面的下拉框选项选为「T」，图像就变为 T1 -T6 的系列时间轴的图片。

3. 点击「OK」键后，界面回到前一个「Open file」界面，再点击「open」按钮即可。

4. 打开的图片呈现出六个时间点（如上图红色箭头所示）。这表示系统已经认可了这六张图为一个时间轴的系列图。

系统将我输出的灰度图片变成了红色，简直受不了，但是机智如我，使用「Ctrl+D」调出「Display Adjustment」界面，将图片改为浅浅的绿色吧，这样我可以欢乐地拥有护眼模式。

使用 Imairs 系统承认的仪器（如 Zeiss, Olympus, Leica 等仪器）拍摄的图片是不会出此幺蛾子的。

5. 使用 Spots 工具新建「Spots」，点击 rebuild (带五角星的魔法棒) 界面下的「Rebuild」按钮；

6. 界面进入 Algorithm1 / 6 (算法的第一步) 系统自动勾选了 Track spots（over Time）这一项。（即按照时间序列追踪目标 Spots 的轨迹）数据量大的时候需要提高电脑的配置，否则后面的计算会自动中断退出。

7. 点击「next」直到算法进行到 6 / 6。点击 statistics（折线形状的标识）右下角的保存按钮，输出 Excel 表格，即得到系统自动计算的目标运动的轨迹信息。

如果手动分析数据，则点击 Edit（铅笔标识），注意 pointer 中的选项应该位于 Select 处，按住 shift 且用鼠标左键点击目标，（点一下，系统会自动播放到下一帧）到了下一帧，再点击目标一下，如此直到最后一帧。

此时系统会记录相关的轨迹信息并且在图片上出现一条渐变色的轨迹以显示手动标记的目标运动轨迹，（如红框所示）数据信息也可以通过 statistics 的保存按钮输出结果。

8. 通过 Excel 输出的结果计算目标运动的总长度，位移，及速率。（系统可能会默认每帧间隔为 1S，需要根据每一帧拍摄的实际时间间隔来修正结果）或者在往 Imaris 导入图片时输入正确的时间间隔（如 1S，30S, 30 min 等）

今天的软件安利内容小伙伴们喜欢嘛？