远离黑白：对SIV多样性的洞察

这篇文章来自美国威斯康星大学麦迪逊分校的研究人员，分析了从乌干达基贝尔国家公园的9只黑白疣猴（colobus guereza）身上发现的新猴免疫缺陷病毒（siv）。由于非人类灵长类动物的分类和地理取样有限，特别是在东非，这项研究对SIV的多样性提出了有趣的见解。

研究人员使用“无偏”深度测序技术对每种病毒的整个编码区进行测序，这种方法不依赖于与先前鉴定的病毒的遗传相似性。作者鉴定了两种不同的siv，它们只有72%的核苷酸同源性，分别称为SIVkcol-1和SIVkcol-2病毒，分别在三只和四只动物身上检测到。有趣的是，没有发现猴子被联合感染。

这些病毒与SIVcol的关系最为密切，SIVcol-1与SIVcol的关系比SIVkcol-2更为密切。这两种siv都含有与复杂逆转录病毒和SIVcol相似的基因组结构，包括三个结构基因（gag、pol和env）和辅助基因（vif、vpr、tat、rev和nef）。比较宿主间的遗传多样性，SIVkcol-1比SIVkcol-2稍有差异（88.7±5.3%核苷酸同源性，93.9±5.9%）。

研究人员已经确定了SIVkcol-1和SIVkcol-2的一些重要功能基序。特别是，作者已经确定SIVkcol-2是第一个慢病毒，在包膜蛋白的胞外亚单位中只含有16个保守的半胱氨酸。这些保守的半胱氨酸有助于包膜功能，如与宿主细胞受体结合。这一发现很重要，因为SIVcol和所有其他灵长类慢病毒都含有18个保守的半胱氨酸残基，被称为“18cys状态”。推测“状态”可能首先存在是很有趣的。

在分析SIV-Gag p6蛋白、PT/SAP和YPXL基序的关键结合位点时，揭示了进一步的见解。两个母题可以同时出现，但一个母题的出现可以弥补另一个母题的缺失。SIVkcol-1和SIVkcol-2只有YPXL基序，与SIVcol相同，为结肠感染siv的一个不寻常特征提供了证据。

利用SIVkcol-1和SIVkcol-2序列进行了系统发育分析，构建了gag、pol、env和nef基因的四个独立进化树。所有的系统发育表明SIVkcol-1、SIVkcol-2和SIVcol形成了一个不同的谱系，SIVkcol-2在SIVcol和SIVkcol-1的一个单独的分支中。贝叶斯推断确定了TMRCA（时间到最近的共同祖先），估计SIVkcol-1/col和SIVkcol-2之间的分裂至少发生在10656年前，尽管作者承认这种估计的准确性仍在争论之中。

总之，研究人员从相同的黑白结肠菌群中鉴定出两种不同的SIV，加深了对SIV多样性的理解。这两种新病毒具有许多独特的特征，特别是SIVkcol-2env中独特的半胱氨酸结构和PT/SAP-Gag结合基序的丢失，其意义值得进一步研究。显然，在这一样本不足的地区，对非人灵长类动物中的SIV有很大的进一步研究潜力。此外，在这项研究中使用深度测序突出了它在识别未知或特征差的病毒方面的价值，这种方法应在未来的研究中加以考虑。