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开放研究计算:一本目标非凡的普通期刊

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我花了很多时间来论证研究领域的许多问题都是由期刊引起的。我们有太多的研究,它们是一种无效的交流重要研究的方式,作为一个过滤器,它们是低效的和误导的。今天,我很高兴能够公开发起一项为新杂志征集论文的活动。我怎样才能使这两个表述一致呢?

计算是所有现代研究的核心。是否它是大型强子对撞机的大规模数据分析或使用Excel图表的一个小数据集。成千上万的网络用户,导致星系动物园孤独的化学家后处理NMR谱我们绝对依赖数十亿行代码,我们从来没有想看。这些代码中有一些是被数亿人使用的大型商业应用程序,远远超出了研究领域。有时是几行shell脚本或Perl,只有一个人使用它。在两种极端情况下,我们都依赖于代码。

我们还依赖于编写、开发、设计、测试和部署这些代码的人员。在许多研究社区的环境中,专注于软件开发、成为领域专家的回报是有限的。使用最好的现代开发技术来构建最高质量的软件的时间和资源方面的成本,不会以促进研究人员的职业生涯的方式得到回报。最重要的是,研究人员需要论文来进步,他们需要发表在受到高度评价的期刊上的论文,而且(委婉地说)具有可观的影响因子。我不喜欢它。许多其他人不喜欢它。但这就是今天的现实,如果我们假装事实并非如此,我们对年轻的研究人员尤其不利。

开放研究计算是一份寻求直接解决计算研究人员所面临的问题的杂志。它本质上是一份传统的同行评议期刊,专门发表讨论特定软件或服务的论文。现在在这个领域有一些期刊,它们要么发表软件文章,要么专注于软件。开放式研究计算的不同之处在于它对软件开发标准、生成结果的可再现性以及软件的可分析性、可评论性和可重用性的高度关注。

开放研究计算软件文章的提交标准是严格的。源代码必须在适当的公共存储库上可用,并且遵循开放源代码计划的许可。必须以可执行文件或服务实例的形式提供正在运行的代码。代码的文档将被期望达到一个非常高的标准,与语言和研究领域的最佳实践保持一致,并且它必须覆盖所有的公共方法和类。类似地,代码测试必须在适当的位置,默认情况下覆盖100%的代码。最后,论文中的所有声明、用例和图表都必须与测试数据相关联,并提供输入数据和预期输出的示例。

在开放研究计算中,发布的首要考虑是您的代码必须能够被使用、重新使用、理解和有效地构建。你的工作必须是可复制的。简而言之,我们期望在开放研究计算中发表的计算工作能够达到在实验研究中所期望的水平。在研究中,我们以前人的工作为基础。计算研究总是有潜力实现这些目标,达到实验工作一直难以达到的水平,但迄今为止,它还没有可靠地实现这一承诺。开放研究计算的目的是通过提供一个可以共享和庆祝高质量计算开发工作的场所来实现这一承诺。提供一个代表研究计算最高标准的场所,让开发人员(无论他们更多地将自己视为软件工程师还是编写代码的研究人员)能够自豪地发表对他们工作的描述。

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