综合DNA甲基化研究确定皮肤黑色素瘤新的进展相关和预后标志物

随着越来越多的光线照射到癌症的分子景观上，遗传和表观遗传变化的结构正在暴露出来。表观基因组变化与转录后水平基因表达的改变有关，而遗传密码本身没有任何改变。在这项发表在BMC Medicine上的全基因组表观遗传学研究中，我们对皮肤黑色素瘤发生和发展过程中发生的甲基化破坏模式进行了全面的综述。

全基因组甲基化分析

甲基化是一个自然过程，主要发生在构成DNA的四个字母或碱基中的一个。化学甲基修饰通常以DNA碱基胞嘧啶为靶点。这个过程被称为甲基化。这种改变可以打开或关闭基因，影响具有完全相同DNA序列的肿瘤细胞的转化和侵袭性。

绘制这些“开关”及其相关甲基化模式的图，可以对良性肿瘤类型和更具侵袭性肿瘤类型的患者进行分层，从而掌握预后能力。

我们的研究比较了在皮肤黑色素瘤的发生和发展过程中改变的甲基化谱。恶性黑色素瘤从良性痣发展为原发性黑色素瘤，最后发生侵袭性转移，导致继发性恶性肿瘤远离癌原发部位，并在全身恶性蔓延。

具体来说，我们绘制了这三个不同阶段的全球甲基化图谱。这使我们能够更深入地研究这三个不同阶段的多步骤转化过程，并证明基因甲基化在肿瘤发生、侵袭和转移过程中的重要性。

为了确定这些差异甲基化基因对基因表达的功能影响，我们交叉检查并匹配公开的基因表达数据集及其相关的特定位点样本和进行性阶段。这种询问显示了差异表达基因及其相关甲基化模式之间的反射性表达模式，再次显示了基因表达与其甲基化状态之间的重叠和意义。在对这些差异甲基化基因进行功能分类时，我们发现了一些涉及细胞/组织极性和细胞-细胞粘附的中枢性黑色素瘤和转移相关途径。

特征验证：黑色素瘤存活特征

基因表达特征研究的最新进展导致了预测患者预后的分析方法的发展被引入市场。这些新的检测方法正越来越多地用于各种癌症类型，以帮助临床医生选择最佳的治疗方案。同样，尽管在表观基因组水平上，我们能够识别与患者生存相关的DNA甲基化特征，即与预后相关。

蛋白质表达的预后价值

最后，我们通过免疫组化检测了几个差异甲基化基因在蛋白质水平上的表达。这为独立的黑色素瘤患者队列提供了预后信息，从而为临床应用提供了更多的机会。

这些结果反映了表观基因组调控的重要性，通过不同的甲基化模式（“开关”）协助从良性痣到原发性肿瘤病变到转移扩散的转化过程。与癌症相关的重要途径被认为有助于从无害的良性状态转变为更具攻击性的表型。通过基于DNA甲基化的生物标记物追踪这些变化的能力，提供了改善传统组织病理学参数（如肿瘤厚度、有丝分裂指数或溃疡）分层能力的机会，并有助于提高分层能力。