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扩增子转导滴定

相关实验:单纯疱疹病毒 I 型来源的扩增子载体

最新修订时间:

材料与仪器

步骤

扩增子转导滴定

材料

试剂
B le a c h 溶 液 (10% V/V) < ! > 氯 仿 / 异 戊 醇 混 合 液 ( 24 : I V / V ) < ! > 2 X 消 化 缓 冲 液 0. 2mol/L NaCl 0. 02mol/L Tris-HCl (pH 8. 0) < ! > 50mmol/L EDTA (pH 8. 0) 0.5% S D S < !> 二 硫 苏 糖 醇 (DTT; lmol/L) < ! > D M E M 培 养 液 ,尚 糖 、有 L-谷 氨 酰 胺 、无 S •丙 酮 酸 、无 菌 ( Invitrogen or equivalent) D ulb ecco磷 酸 盐 缓 冲 液 (D P B S ) ,无 菌 、有 和 没 有 Ca2V M g 2+ 乙 醇 (70% V/V 和 100%) F A M / T A M R A (5 -羧 基 荧 光 素 / N , iV , N ' , A T-四 甲 基 -6-羧 基 玫 瑰 红 )标 记 的 荧 光 基 因 探 针 (表 1 ) 扩 增 子 特 异 的 (S y n th e g e n 或 equivalent) 细 胞 特 异 的 ( Synthegen 或 equivalent) 胎 牛 血 清 (F B S ) ,无 菌 、经 过 支 原 体 检 测 裂 解 液 lOOtmnol/L 磷 酸 钾 (p H 7 .8 ) < ! > 0.2¼ Triton X -100<!> NIH-3T3 细 胞 (ATCC: CRL-1658) PCR 引 物 ,正 义 链 和 反 义 链 (表 I) 扩 增 子 特 异 的 (S yn th eg en 或 equivalent) 细 胞 特 异 的 ( Synthegen 或 equivalent) 表 1 . 用作转导滴定配套的TaqMan引物/探针 名 字 上 游 引 物 下 游 引 物 探 针 P■ 牛 乳 糖 S ' - G G G A T C T G C C A T T G T - 5’- T G G T G T G G G C C A T A A T - 5’- A C C C C G T A C G T C T T C - C A G A C A T - 3 , T C A A - 3 7 C C G A G C X ^ 3 , 卡 那 霉 素 S ' - C C G G C T A C C T G C C C A T - 5' - C C G G C T T C C A T C C G A G - 5 - A A C A r O G C A T O G A G O G - TC-3; TA-3, AGCAOG-3, P■ 内 酰 胺 酶 Sf- C T G G A T G G A G G C G G A - 5’- C G G C T C C A G A T T T A T - S ' - C A G G A C C A C T T C T O T A A A G T - 3 , C A G C A A T - 3 ’ C G C T C G G C -3 ' 18S R N A Si-Cg g c t a c c a c a t c c a a - 5^ g c t g g a a t t a c c g c g - S '-T G C T G G C A C C A G A C - GGAA-3^ G C T S r T T G C C C T C - 3 , P C R 标准品 18 S 标 准 品 : N IH -3T 3 细 胞 的 基 因 组 D N A (50 、 5 、 0• 5 、 0. 05 和 0. 005ng/m l) 扩 增 子 标 准 品 :待 滴 定 病 毒 特 异 的 扩 增 质 粒 D N A ( 1 . 0 、 0 . 1 、 0 . 0 1 、 0 .0 0 1 •214 •
和 0• OOOlng/ml) 苯 酚 (饱 和 溶 液 ) < ! > 蛋 白 酶 K (20 m g/m l) < ! > 氯 化 钠 (5m o l/L ) T E ( 0 .2 5 % 胰 岛 素 / 0 .0 2 % E D T A ; Invitrogen) < ! > 2 X P C R 混 合 母 液 ( A pplied B iosystem s 或 equivalent) 水 ,蒸 馏 水 (d H 20 ) ,无菌 仪器 工 作 纸 (吸 水 的 ) 生 物 安 全 樹 ( B aker steriguard II 或 equivalent) 细 胞 培 养 板 ( 24 孔 ; Corning 或 equivalent) 细 胞 刮 (大 号 的 ;N u n c 或 equivalent) 离 心 管 (锥 形 , 15 m l 和 50 m l,无 菌 ; Corning 或 equivalent) C 〇2/ H 2O 培 养 箱 [ ( 3 7 ± 1 . 0 ) ° C , 5 % C 〇2 ; Form a 或 equivalent] 培 养 瓶 (T - 1 5 0 ; 无 菌 ; Corning 或 equivalent) 冰 箱 :标 准 温 度 (一2 0 ° C ) 和 超 低 温 (一80°C) 红 血 球 计 数 板 . 冰盒 倒 置 相 差 显 微 镜 ( Zeiss T e la v a l3 1 或 equivalent) L a t e x 手 套 (无 粉 ) 微 离 心 管 (〇 . 5 m l 和 1 . 7 m l ,无 菌 ) 小 离 心 机 ( N ational Labnet C - 1200 或 equivalent) 小 振 荡 器 (V W R 或 equivalent) 封 口 膜 P C R 管和 P C R 管 盖 (光 学 级 别 ; A pplied B iosystem s 或 equivalent) 辅 助 性 移 液 器 (D rum m ond或 equivalent) 带无菌枪头的移液器(可调体积; Rainin P-20、 P-200和 P-1000或 equivalent),两套 为了最大限度地减少核酸污染,应为定量PCR分析指定一套专用的带滤器枪头和一套移液器 防 护 袖 套 (一次性) 序 列 测 定 仪 ( A pplied B iosystem s P rism 7700 或 equivalent) 一 次 性 移 液 管 (5 m l、 IO m l和 2 5 m l体 积 ,无 菌 ) 紫 外 / 可 见 光 分 光 光 度 计 ( Beckm an C oulter D U 8 0 0 或 equivalent) 水 浴 ,(3 7 士1) °C (V W R 12 3 5 或 equivalent)

方法

接种 NIH-3T 3 细胞

1 • 根 据 滴 定 所 需 的 孔 数 ,预 温 足 够 的 含 5 % F B S 的 T E 和 D M E M 至 3 7 °C 。

2.在安全橱中,吸去细胞培养液。

3•用 5m l 无 C a2V M g 2+的 D P B S 清洗细胞。弃洗液。

4.用无 Ca2V M g 2+的 D P B S 按 I : 1 的比例稀释 T E 。在每个 N I H -3T 3 细胞的培养瓶中加 入 2m l 稀释的 T E 。

5.室温或 37°C 孵育细胞,直至其完全脱落。每 5m in 观察一次,轻轻晃动使细胞脱落。

6.在脱落的细胞中加入约 I O m l 含 5 % F B S 的 D M E M 。用移液器轻轻吹打以悬浮细胞。

7•在 15m l 的锥形管中,将 〇.5m l 的悬浮细胞加人 4.5m l 的培养液中。吹打以悬浮细胞。

8.加 约 IOuI 的悬浮液到红血球计数板上。

9•计算计数板两边 4m m 2 方 格(栅格的四角)中细胞的数量。计算每平方毫米方格中的平均细胞数。乘以稀释倍数。将结果再乘以 IO4。得到的结果表示在原细胞悬液中每毫升的细胞数。

10.根据细胞计数的结果,用预温的培养液将细胞稀释到最终浓度为 2 X 105 个/m l 。吹打以混匀。

11.在 24 孔板的每个孔中加人〇 • 5m l 含 5 % F B S 的 D M E M 。

12•用 5m l 的移液器,每个孔中加〇.5m l 的稀释后细胞液,使最终浓度为每孔 I X I O 5个细胞。

13.37°C 将培养板孵育过夜。转导 .

14.将 Iul 和 5ul 待滴定的扩增子病毒储存液稀释在 350m l 预温的含 5 % F B S 的 D M E M培养液中。振荡每管约 Is。

15.在安全橱中,吸出细胞培养液。加人备好的病毒悬液。

16.将培养板 37°C 解 育 l h。每 15m i n 轻轻旋转平板,使病毒均匀分散。

17.在安全橱中,每个孔中加人 400M 1 含预温 5 % F B S 的 D M E M 培养液。

18•将培养板 37°C 孵 育 20〜24 h 。

裂解并消化转导后的细胞

19.当细胞形成单层后,吸出培养基。

20.每 孔 加 入 1(%1 含 l m m o l /L D T T 的裂解缓冲液。室温孵育 15m i n 。

21.将裂解液转到 I.7m l 的离心管中。

22.每管加人 IOOuI 含 〇.2m g /m l 蛋白酶 K 的 2X 消化缓冲液。 56-C 孵育 3 h 。

苯酚/氯仿抽提

23•用氯仿:异戊醇混合液按 I : 1 的比例稀释饱和的苯酚溶液。每管中加人 200ul 苯酚 :氯 仿 :异戊醇混合液。颠 倒 10 次以充分混匀。

24.13 OOOg■离心 5m i n 。

25•小心吸出水(上)层 ,转移到新的 1.7m l 离心管中。数。
26•每管加人20〇 W 氯 仿 :异戊醇混合液。颠 倒 10次以充分混匀。 27.13 OOOg 离心 5 m i n 。 28•小心吸出水(上)层 ,转移到新的L 7m I离心管中。 29•每管中加入375M 的 1 0 0 % 乙醇。将样品一80°C孵 育 15m i n 或一20°C孵 育 1〜2h 。 30.13 OOOg■离心 2 0 m i n。 3 1 . 小心移去上清。用 500^170% 乙醇小心清洗DNA沉淀。让沉淀风中干燥l 〇m i n 。 32. 用 5OfjtI d H 20 重悬 D N A 沉淀。 33. 用分光光度仪测定A 2 S。/A 28。。计算 D N A 浓度。 34•将每个样品稀释至最终浓度为5〜20ng/M l,以用于P C R 分析。 最优的稀释度因仪器而异。 A p p lie d B io s y s te m s P r i s m 7 7 0 0 序 列 测 定 仪 能 对 稀 释 至 5 n g / Ml 的储存液进行测定,并产生足够的扩增谱。其他的仪器可能需要相似或更高浓度的模板 D N A 储存液。 实时定量PC R 分析 35•用与序列测定仪相连的电脑上的软件准备样品模板(表 2)。 注意:在所有的步骤中穿戴工作服、手套和防护袖套。在 步 骤 4 6 之前不要处理 D N A 标准品或待滴定D N A 样品。 表 2•定量PCR样品建立的范例 A B 1 2 3 4 5 6 7 8 9 N T C N T C S T D Ampl S T D Ampl S T D Ampl S T D Ampl S T D Ampl S T D Ampl S T D Ampl U N K U N K U N K U N K U N K U N K U N K U N K U N K Ampl Ampl Ampl Ampl Ampl Ampl Ampl Ampl Ampl 10 11 12 S T D S T D S T D Ampl Ampl Ampl Ampl Ampl Ampl U N K U N K Ampl Ampl U N K U N K Amp l Ampl U N K U N K Ampl Ampl U N K U N K Ampl Ampl U N K U N K Ampl Ampl U N K U N K Ampl Ampl D U N K U N K U N K U N K U N K Ampl Ampl Ampl Ampl Ampl N T C N T C 18S S T D 18S S T D 18S S T D 18S 18S S T D S T D E F G H S T D S T D 18S 18S 18S 18S U N K U N K 18S 18S U N K U N K 18S 18S S T D U N K U N K U N K U N K 18S 18S 18S 18S 18S U N K U N K U N K U N K U N K 18S 18S 18S 18S 18S U N K U N K U N K U N K U N K 18S 18S 18S 18S 18S U N K U N K U N K U N K U N K 18S 18S 18S 18S 18S U N K U N K U N K U N K U N K 18S 18S 18S 18S 18S U N K U N K U N K U N K U N K 18S 18S 18S 18S 18S U N K U N K U N K U N K U N K 18S 18S 18S 18S 18S U N K U N K U N K T TNTK- U N K 18S 18S 18S UiNxV ( N T C ) 无 模 板 的 对 照 (没 有 D N A 加 人 ) ; ( S T A ) 带 有 F A M -标 记 的 扩 增 子 特 异 荧 光 探 针 的 标 准 扩 增 子 质 粒 D N A 对 照 ; ( U N K A m p l ) 带 有 F A M -标 记 的 扩 增 子 特 异 荧 光 探 针 的 未 知 转 导 D N A 样 品 ; ( S T D 1 8 S ) 带 有 F A M - 标 记 的 18S 基 因 特 异 的 荧 光 探 针 标 准 的 N I H - 3 T 3 细 胞 D N A 对 照 ;(U N K 1 8 S ) 带 有 F A M - 标 记 的 18S 基 因 特 异 的 荧 光 探 针 标 准 的 未 知 的 转 导 D N A 样 品 。
36•在选好的工作区域放上干净的工作纸。 37•用1 0 % 的漂白液清洗移液器、管架、冰盒和实验工作台r 干 燥 I5m i n 。 38.在设定的反应信息的基础上,计算整个定量分析所需试剂的体积。假 定 是 1.15体 积 X 样 品 数 目 (表 3)。 表 3 . 实时定量PC R 样品的建立 加入试剂的顺序 试剂 储存液的浓度 终浓度 体积/ y /反应 1 灭菌水 — — 7.5 2 T a q M a n 通用混合液 2 X I X 12.5 3 上游引物 2〇mmol/L 900nmol/L 1.125 4 下游引物 2〇mmol/L 900nmol/L 1.125 5 荧光探针 10mmol/L 50nmol/L 0. 25 6 靶基因D N A 样品 5〜20ng//ixl — 2.5 总体积 25 39. 更换手套和防护袖套。 40. 根 据 模 板 (步 骤 3 5 ) 以及定量P C R 仪器的不同,将管子放置于合适的P C R 管托盘 中。用新鲜的封口膜将管子封好。剪掉多余的两层封口膜。 41. 更换手套。 42. 将 P C R 混合母液、模板和荧光基因探针从一2CTC冰箱中取出。冰上融化。 43. 更换手套。 44•用P C R 专用的移液器和枪头在冰上准备工作母液。将未用的储存液放回一2〇-C 。 45.更换工作服、手套和防护袖套。 46•将P C R 管托盘和P C R 管盖移到单独的区域,加人 D N A 标准品和未知的样品D N A (从步骤34得到)。_用带滤器的枪头加D N A ,以避免交叉污染。 47•当P C R 管托盘的每一行都上样后,用新鲜的封口膜封住管子。 用与准备混合母液相同的试剂准备非模板控制品(NTC)。 48.更换手套和防护袖套。 49•用另一套移液器将工作母液(从步 骤 4 4 得到)加人到合适的反应管中。用光学盖 子封住管子。 50•用P C R 管托盘放到定量P C R 仪器中。开始以下的P C R 反应: 步骤 I : 50°C , 2m i n 。 步骤 2: 95〇 C , l O m i n。 步骤 3: 95°C , 15s , 60°C , l m i n ,循环 40 次。 51•反应结束后,分析并保存数据以用于计算转导滴度。 为了防止仪器和反应起始区域的污染,将反应管丢弃于远离定量P C R 仪器的地方。 52.计算每毫升转导单位(T U ) 的 数 量 (表 4)

表 4 . 基于细胞系转化因子用于定量PC R 的 D N A的纳克数 _______________________ q P C R 实 验 所 用 的 模 板 D N A 的 量 _____________________________________ 细 胞 系 滴 度 50ng 25ng 12_ 5ng NIH-3T3 0.028 0.014 0.007 T U = n g 检测到的目标序列X (1/97 500) X (6020/lCT8) X (扩增子质粒大小 [k b ] /150k b ) T U /m l = ( T U [上面所测的]> g 最初测定的模板D N A ) X [ (1000/M 1用来转 导单层细胞)/细胞系转化因子]

来源:丁香实验

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