有没有用于生信分析专用的蛋白质组学测序相关的公共数据库？

可以试一下这个数据库ProteinData Bank

有的，有专门的蛋白的数据库比如uniprot

蛋白质组数据库

1.GELBANK

网址：http://gelbank.anl.gov

简介：提供全基因组的二维凝胶电泳图谱，搜集了已知基因组信息生物的蛋白质组二维凝胶电泳图。可通过描述相对分子质量、等电点和蛋白质序列信息进行快速检索。

2.SWISS-2DPAGE

网址：http://www.expasy.org/ch2d/

简介：提供人类、小鼠、大肠杆菌、酿酒酵母、盘基网柄菌的2D-PAGE参考图。

3.SysPIMP(Systematical Platform for Identifying Mutated Proteins)

网址：http://pimp.starflr.info/

简介：通过质谱技术建立的蛋白质突变数据库。当蛋白质某一氨基酸残基发生改变时，其质谱图也会发生改变，通过蛋白质质谱图的改变，检测与疾病相关的突变。

4.Sys-BodyFluid

网址：http://www.biosino.org/bodyfluid/

简介：人体体液蛋白组研究数据库。提供人体各种体液的蛋白质组数据，包括血浆/血清、尿液、乳汁、泪、汗液、唾液、骨髓液、脑脊液、胃液等。

5.BloodExpress

网址：http://hscl.cimr.cam.ac.uk/bloodexpress/

简介：小鼠造血过程基因表达数据库

6.CentrosomeDB(human centrosomal proteins database)

网址：http://centrosome.dacya.ucm.es

简介：人体中心体蛋白数据库

7.ConsensusPathDB

网址：http://cpdb.molgen.mpg.de

简介：人类功能作用网络数据库，与多个数据库有交叉应用，提供蛋白质互作、生化反应、基因调控等作用网数据。

8.Proteome Analysis Database

网址：http://www.ebiac.uk.proteome/

简介：蛋白质组分析数据库

10.HPRD(Human Protein Reference Database)

网址：http://www.hprd.org/

简介：人体蛋白文献数据库