请问：1）液相色谱质谱中，我们是先鉴定化学物然后分析，还是先分析，然后对感兴趣的峰进行代谢物的鉴定？2）如果在正离子模式和负离子

1）液相色谱质谱（LC-MS）分析的流程可以根据具体的研究目的和样品特性来确定。一般而言，常见的做法是先进行分析，然后对感兴趣的色谱峰进行代谢物的鉴定。

在液相色谱分析中，样品经过色谱柱分离后进入质谱仪进行质谱分析，生成质谱图。根据质谱图的特征峰，可以进行初步的化合物鉴定，如根据质荷比（m/z）和相对丰度进行初步的分析和组分识别。

随后，对于感兴趣的色谱峰（如代谢物），可以进行更深入的鉴定。这可以通过质谱数据与数据库的比对、碎片图谱的分析、质谱图的解释以及可能的标准物质的对比等方法来进行。这样可以确定代谢物的结构和标识。

2）正离子模式和负离子模式是质谱分析中常用的两种离子化方式。具体使用哪种离子模式取决于所研究化合物的性质、离子化特点以及研究目的。

正离子模式（Positive Ion Mode）：在正离子模式下，样品中的化合物通常以正离子（通常是[M+H]+，即分子离子）形式离子化。正离子模式常用于分析具有较强的亲电性、易于形成正离子的化合物，如碱性化合物、脂质类化合物等。

负离子模式（Negative Ion Mode）：在负离子模式下，样品中的化合物通常以负离子形式（如[M-H]-）离子化。负离子模式常用于分析具有较强亲电子性、易于形成负离子的化合物，如酸性化合物、糖类化合物等。

在实际分析中，根据研究目标和所关注化合物的特性，可以根据需要选择正离子模式或负离子模式进行分析，或者同时使用两种模式进行全面分析。

液相色谱中一般是先分析，然后对感兴趣的峰进行代谢物的鉴定，这样可以节省费用

对于非靶向代谢组学来说，会面对大量的未知化合物，从效率上来讲更建议先分析差异，再鉴定。同一化合物可以选择相应强度更高的模式来进行分析。火山图绘制分开或合在一起都可以，只要在图下详细说明即可