纯化了20代的菌株还是没有测到同一种菌株。

我将菌株纯化了20代后，连接了pMD-19T测16s。我当时想着在板上随便挑都是同一种菌种了吧。但是测序回来的结果显示有几个位置同一个位置上出现了SNP。并不是在测序开头和结尾，虽然是用Taq酶跑的PCR，但是也不能同一个位置出现SNP吧。可能换高保真酶扩增后再加A尾也不会改变的。老师说有可能是出现了16s两个拷贝的问题。大家有遇到这种情况吗