为啥FISH和核质分离qPCR实验结果不一致？

一个样品，可同时分别提取细胞质RNA与细胞核RNA，提取的RNA可直接用于下游应用：RT-PCR, qRT-PCR, RNA-Seq, Northern blotting, chip-Arrays等。

非编码RNA在细胞内的定位和表达是一个复杂的过程。FISH和QPCR是两种不同的实验技术，它们的结果可能存在差异。

FISH是通过将染色体特异性引物与RNA结合，在细胞中定位RNA的技术。它可以确定RNA在细胞中的位置，但不能准确测量RNA的表达水平。

核质分离QPCR是通过测量RNA在核和质中的表达水平来定位RNA的技术。它可以准确测量RNA在细胞中的表达水平，但不能确定RNA在细胞中的位置。

因此，如果你希望确定RNA在细胞中的位置，则应该倾向于FISH结果，如果你希望准确测量RNA在细胞中的表达水平，则应该倾向于核质分离QPCR结果。

关于核质分离RNA的提取，核和质的部分通常是分开提取，离心速度和时间需要保持一致。