肠道菌群清理后用什么方法检测清理效果呢？若qPCR则用什么作为内参呢？

跑qpcr建议用菌群的DNA做特异性内参，特异性高，容易成功，常用的比如16s，action，都是比较不错的选择

我们用的是16s作为qpcr内参的

对于测量肠道菌群总量的差异，确实常见的方法是使用通用引物进行扩增。在这种情况下，选择合适的内参是至关重要的，以确保准确的相对定量分析。以下是一些可能的选择作为内参的方法：

1. 16S rRNA基因：16S rRNA是广泛用于细菌分类和鉴定的标志性基因。您可以选择特定区域的16S rRNA基因引物作为扩增的目标，并使用其扩增产物作为内参。通常，选择16S rRNA的高保守性区域作为内参，如V3-V4区域。

2. 基因组DNA含量：您可以考虑测量样品中细菌基因组DNA的含量作为内参。这可以通过比较特定基因（如16S rRNA基因）的扩增产物与全基因组DNA的扩增产物的相对浓度来实现。

3. 稳定表达基因：您可以选择稳定表达的基因作为内参。这些基因的表达量不会受到菌群差异的显著影响。常见的选择包括16S rRNA基因中的某些高保守区域或其他广泛表达的基因。

需要注意的是，选择适当的内参需要根据您的具体实验设计和样品特点来决定。在进行相对定量分析时，内参的选择对于准确的比较非常重要。