蛋白17kd左右，能跟肝素亲和，现在用聚乙二醇修饰它，分子量增加5000左右，请问修饰后怎么分开修饰的和未修饰的呢？

可以用凝胶色谱纯化的方法试试。

大多用凝胶过滤，毕竟PEG是链状的分子，在柱子上和普通蛋白行为不一样，修饰度越高那么出峰也越后，因此蛋白选择sephadex G50试试，它的范围在1000-30000，应该是不错的选择。此外PEG是个疏水性的链，修饰后的蛋白疏水性增强，修饰度越高，疏水性越强，可以用这个原理分离。离子交换也可以选择，因为同样道理，修饰度越高，电荷被屏蔽也越多，电荷也越少，因此应该修饰度越高越先出。