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生信ssGSEA免疫浸润分析

相关实验:免疫组织化染色

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大王叫我来巡山安

请问大家,1.ssGSEA结果有负值,将结果进行标准化后进行可视化分析,对于结果全是0或者1的细胞该如何处理,直接删除?

2.目的基因与免疫细胞的相关性分析时,是采用标准化前的ssGSEA结果还是标准化后的?如果是标准化后的结果,数值全是0或1的细胞无法计算,直接删除吗?

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3 个回答

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毛利小五郎的徒弟

有帮助

是指0或1再进行定量分析的时候可以删除,定性的时候不需要删除

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loveliufudan

有帮助

1.对于SSGSEA结果中出现的全是0或1的细胞,可以考虑将其从可视化结果中删除。另外,也可以对SSGSEA得分进行调整或变换,以便更好地显示出不同细胞之间的差异。

2.在目的基因与免疫细胞的相关性分析中,应该使用标准化后的SSGSEA结果。对于数值全是0或1的细胞,可以考虑将其删除,或者进行其他的数值调整,以便更好地显示出相关性。不过在删除细胞时,需要注意其对结果的影响,以避免对结果的偏差。

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Dr_劉医生

有帮助

ssGSEA 分析结果为 0 或 1 的细胞可以被视为没有表达该基因集,因此可以将其从数据集中删除。但是,这种方法可能会导致数据集的偏差,因此建议您在删除之前仔细考虑。另外,您也可以将这些细胞视为低表达该基因集的细胞,然后将其保留在数据集中。

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