生信ssGSEA免疫浸润分析
大王叫我来巡山安
请问大家，1.ssGSEA结果有负值，将结果进行标准化后进行可视化分析，对于结果全是0或者1的细胞该如何处理，直接删除？
2.目的基因与免疫细胞的相关性分析时，是采用标准化前的ssGSEA结果还是标准化后的？如果是标准化后的结果，数值全是0或1的细胞无法计算，直接删除吗？
3 个回答
毛利小五郎的徒弟
是指0或1再进行定量分析的时候可以删除，定性的时候不需要删除
loveliufudan
1.对于SSGSEA结果中出现的全是0或1的细胞，可以考虑将其从可视化结果中删除。另外，也可以对SSGSEA得分进行调整或变换，以便更好地显示出不同细胞之间的差异。
2.在目的基因与免疫细胞的相关性分析中，应该使用标准化后的SSGSEA结果。对于数值全是0或1的细胞，可以考虑将其删除，或者进行其他的数值调整，以便更好地显示出相关性。不过在删除细胞时，需要注意其对结果的影响，以避免对结果的偏差。
Dr_劉医生
ssGSEA 分析结果为 0 或 1 的细胞可以被视为没有表达该基因集，因此可以将其从数据集中删除。但是，这种方法可能会导致数据集的偏差，因此建议您在删除之前仔细考虑。另外，您也可以将这些细胞视为低表达该基因集的细胞，然后将其保留在数据集中。
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