急求如何筛选与病毒感染相关的细胞因子风暴相关宿主蛋白，谢谢各位大佬！

dxy_mwkf8qv3

2022-06-28

各位大佬好！！~就是说小弟想筛选与细胞因子风暴相关的宿主因子，现有一下想法不知可不可靠，望各位大佬批评指正，指点迷津，感谢感谢！！！就是说小弟想用用高致病性病毒感染小鼠构建细胞因子风暴的模型，用肺脏组织做单细胞测序筛选主要转录细胞因子的细胞，并同时根据此细胞同时筛选转录量最多的细胞因子。然后用这个筛选出来的细胞因子激动剂处理筛选出来的细胞，另一方面用高致病性病毒感染筛选出来的细胞。然后送去做转录组测序。两者测序结果重合部分能不能说明那些基因与病毒感染导致细胞因子风暴有关呢？谢谢大家！

1 个回答

Eason老歌迷

2022-06-28

有帮助

具体参看这篇文章。

作者用高通量筛选鉴定SARS-CoV-2感染必须基因研究者使用人的GeCKOv2文库病毒（~0.2 MOI）感染A549ACE2细胞，嘌呤霉素药筛9天，随后0.3和0.01 MOI SARS-CoV-2分别感染巴细胞，感染24h检测核衣壳（N）蛋白表达，感染6天后存活的细胞被提取DNA用于高通量测序。用3种方法（Robust rankaggregation，RIGER weighted-sum and second-best rank）鉴定的富集基因高度重叠。在低剂量和高剂量组的TOP 50中，有27个相同的基因。