空有黄昏亦打烊
前辈们好,我是一名普通本科学生。前不久导师颁发了一个任务,希望我能够在NCBI中找到防御素的目的基因。我找遍了防御素的目的基因,发现均为mRNA。我以为应该可以利用RT-PCR得到cDNA,但我的师姐说NCBI中提供了cDNA。(也就是说我的导师应该是希望能够直接找到cDNA,然后送去公司合成)
后来,我发现这些mRNA里边的U均为T,这是不是意味着其实NCBI种给出的mRNA就是我所寻找的cDNA(相同的那条链)?是不是就可以直接用这个mRNA了?于是我对比了部分文献中的序列和NCBI中序列的异同。我发现NCBI中的序列都比文献中长(即便是只用CDS序列)。后来我发现文献中提到密码子的优化,但是从某些文献上我得知优化实际上只改变其中几个碱基,整体并无大变化。所以我不知道为什么文献中的序列短于NCBI中的序列。但因为文献发布时间过早,在文献发布后的这几年NCBI上的数据有了一些变化。导致在对比文献上的序列和NCBI上的序列时,总是不同。
所以,为了让前辈们能够更明白我的疑惑。我将问题单独列出:
①NCBI中的mRNA是否就是cDNA的其中一条链?
②为什么文献中的基因序列比NCBI的基因序列短那么多?
③设计引物的时候是利用NCBI中mRNA内的CDS序列吗?
以上便是我的疑惑,再次感谢各位前辈不吝赐教了
于小鱼鱼1998
你可以通过ncbi网站或者pubmed网站进行查询
毛利小五郎的徒弟
可以上ncbi网站进行搜索,可以得到特异序列
balalaLy
你导师应该是让你在PubMed上找CDS序列吧
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