iTRAQ、SILAC和SWATH等相比，应该选择哪一种定量的方法呢？

TMT、SILAC和SWATH都是蛋白组学研究中常用的定量技术,各有优势,选择时需要根据实验目的权衡:

1. TMT:化学标签方法,操作简便,多个样本混合检测,批内误差小,适合大批量样本。但标记可能影响碎裂模式。

2. SILAC:稳定同位素标记生物学方法,可以进行动态标记,适合检测细胞内过程变化。但需要构建标记细胞株,费时。

3. SWATH:数据独立采集技术, Repeat性好,可以重分析数据。但需要复杂的生信分析,定量覆盖率较低。

4. 如果要比较多个处理条件下的全部蛋白表达变化,TMT更适合。

5. 如果要研究细胞内蛋白质的动态变化,SILAC更合适。

6. 如果要建立可以重复检测的定量模型,SWATH更优。

7. 也可以根据优势结合使用,如TMT结合SILAC进行验证。

8. 还需要考虑仪器配置、实验经费等情况选择更经济可行的方法。

9. 验证不同方法的重复性和检出率也很重要。

综合研究目的和具体条件来选择最佳蛋白定量技术。

定量的话，选择iT RAQ和SILAC更好一些

比较流行的是iTRAQ定量蛋白质组方法，该方法不依赖样本，可以做任意样本的总蛋白质的差异定量，而且定量准确。虽然Label-free同样不限定样本，但是定量准确度难以保障。SILAC是细胞层次的蛋白质组定量，而对组织的定量难度较大，并且SILAC培养费用高昂，不适合做商业化。MRM和SWATH都是目标蛋白质组相关的定量模式，但是SWATH可以完成数千种蛋白的定量，准确度极高，通量远高于MRM，对于亚细胞结构、细菌、真菌、细胞分泌物等样本，SWATH效果非常好，但SWATH价格相对较高。