ZDOCK蛋白蛋白对接结果分析，Pymol

可能因为你的两个蛋白的chain用了相同命名，如果一个是chain A，另一个就改成chain B

解决了么，朋友，我遇到一模一样的问题，用zdock导入两个本地pdb文件，选结合分数最高的，打开就是一模一样

可能有以下几种原因：

问题出在Pymol软件本身。如果Pymol软件没有正确安装或者版本过低，可能会导致图像不太正常。解决方法是更新或重新安装Pymol软件。

文件格式不兼容。Pymol支持多种文件格式，但并不是所有格式都可以完全支持，可能会出现图像不太正常的情况。解决方法是将文件转换为Pymol支持的格式，例如PDB格式。

结果文件本身存在问题。ZDOCK生成的结果文件可能存在一些错误或者不完整的信息，例如缺失原子坐标、残基信息不完整等。这可能会导致Pymol无法正确显示结果。解决方法是检查结果文件是否存在问题，并尝试重新生成结果文件或者使用其他对接软件进行分析。

显示参数设置问题。Pymol的图像显示可以通过设置不同的参数进行调整，例如颜色、透明度、视角等。如果显示参数设置不当，可能会导致图像不太正常。解决方法是检查显示参数设置是否合适，并进行适当的调整。

你没有选择双蛋白对接啊，这是个杂乱的图，检查蛋白没分解的情况下，重新做对接图