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ZDOCK搞好的蛋白对接用pymol打开后怎么显示有问题?请问一下各位大佬,该怎么解决呢?

相关实验:血红蛋白电泳

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子非鱼焉a

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5 个回答

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奥利给与给力嗷

有帮助

朋友,我的几乎和你的一模一样

你的问题解决了吗,我感觉不是什么版本问题,我也是用z dock里面蛋白蛋白对接的评分最高的那个

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dxy_y6nyvy78

有帮助

因为两个链都是A,需要把另一条链改成B

pymol中选择乱码的那条链然后输入命令

alter sele, chain=‘B’

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毛利小五郎的徒弟

有帮助

这个可能是软件没更新的原因,更新后再对接

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loveliufudan

有帮助

可以尝试以下几种方法来解决这个问题:

检查您的PDB文件是否包含了多余的空行或者非标准的字符,如果有,删除它们。

使用ZDOCK自带的pdb2zdock.pl脚本将您的PDB文件转换为ZDOCK能识别的格式。

使用其他的可视化软件,如Chimera或者VMD,来打开您的PDB文件,看看是否能正常显示。

使用PyMOL的命令行功能,输入一些命令来调整您的蛋白显示效果,如remove solvent, show sticks, byres, setup cartoon_transparency等。

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小小小小小芳

有帮助

可能出现的问题出在Pymol软件本身。如果Pymol软件没有正确安装或者版本过低,可能会导致图像不太正常。解决方法是更新或重新安装Pymol软件。


文件格式不兼容。Pymol支持多种文件格式,但并不是所有格式都可以完全支持,可能会出现图像不太正常的情况。解决方法是将文件转换为Pymol支持的格式,例如PDB格式。


结果文件本身存在问题。ZDOCK生成的结果文件可能存在一些错误或者不完整的信息,例如缺失原子坐标、残基信息不完整等。这可能会导致Pymol无法正确显示结果。解决方法是检查结果文件是否存在问题,并尝试重新生成结果文件或者使用其他对接软件进行分析。


显示参数设置问题。Pymol的图像显示可以通过设置不同的参数进行调整,例如颜色、透明度、视角等。如果显示参数设置不当,可能会导致图像不太正常。解决方法是检查显示参数设置是否合适,并进行适当的调整。”

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