ZDOCK搞好的蛋白对接用pymol打开后怎么显示有问题？请问一下各位大佬，该怎么解决呢？

朋友，我的几乎和你的一模一样

你的问题解决了吗，我感觉不是什么版本问题，我也是用z dock里面蛋白蛋白对接的评分最高的那个

因为两个链都是A，需要把另一条链改成B

pymol中选择乱码的那条链然后输入命令

alter sele, chain=‘B’

这个可能是软件没更新的原因，更新后再对接

可以尝试以下几种方法来解决这个问题：

检查您的PDB文件是否包含了多余的空行或者非标准的字符，如果有，删除它们。

使用ZDOCK自带的pdb2zdock.pl脚本将您的PDB文件转换为ZDOCK能识别的格式。

使用其他的可视化软件，如Chimera或者VMD，来打开您的PDB文件，看看是否能正常显示。

使用PyMOL的命令行功能，输入一些命令来调整您的蛋白显示效果，如remove solvent, show sticks, byres, setup cartoon_transparency等。

可能出现的问题出在Pymol软件本身。如果Pymol软件没有正确安装或者版本过低，可能会导致图像不太正常。解决方法是更新或重新安装Pymol软件。

文件格式不兼容。Pymol支持多种文件格式，但并不是所有格式都可以完全支持，可能会出现图像不太正常的情况。解决方法是将文件转换为Pymol支持的格式，例如PDB格式。

结果文件本身存在问题。ZDOCK生成的结果文件可能存在一些错误或者不完整的信息，例如缺失原子坐标、残基信息不完整等。这可能会导致Pymol无法正确显示结果。解决方法是检查结果文件是否存在问题，并尝试重新生成结果文件或者使用其他对接软件进行分析。

显示参数设置问题。Pymol的图像显示可以通过设置不同的参数进行调整，例如颜色、透明度、视角等。如果显示参数设置不当，可能会导致图像不太正常。解决方法是检查显示参数设置是否合适，并进行适当的调整。”