蛋白组学应该注意什么事项，好研究吗

在进行蛋白组学研究时，需要注意以下事项：

样品的质量和纯度：样品的质量和纯度对于蛋白组学研究至关重要，因为污染物或其他非目标蛋白质可能会干扰分析的准确性和灵敏度。因此，在采集、处理和保存样品时，需要严格控制污染、避免蛋白质的降解和氧化，并采用适当的方法和技术提高样品的纯度和稳定性。

实验设计和样品处理：在进行蛋白组学研究时，需要仔细设计实验和样品处理流程，以确保研究结果的可靠性和重复性。比如，需要选择适当的样品处理方法、优化蛋白质提取和分离条件、使用合适的蛋白质标记技术等，以最大程度地提高蛋白质的检测灵敏度和特异性。

数据分析和解释：蛋白组学研究通常会产生大量的数据，需要进行有效的数据处理和分析才能得出有意义的结论。因此，需要选择适当的数据分析软件和方法，处理和解释蛋白质鉴定和定量数据，比如聚类分析、富集分析、功能注释等。

标准化和验证：蛋白组学研究需要遵循一定的标准化流程和质量控制措施，以保证数据的可重复性和准确性。此外，需要使用多个方法验证蛋白质的鉴定和定量结果，以确定结果的可靠性。

蛋白质谱鉴定不成功的因素:

质谱鉴定不成功主要可以分为两类，一类是质谱效果不好，一类是没有可参考的蛋白数据库。质谱效果不好的原因又可以细分为蛋白点太淡以至于蛋白含量过低（常见银染的点）、蛋白酶解及质谱操作失误等。要避免这些因素需要尽量取颜色深一些的蛋白点，并且取的蛋白点面积需要适当大一些，对于某些很小但很清晰的蛋白点，取点的时候可适当选择孔径大一些的枪头，把边上空白处适当取到一些也不要紧，避免取点混入其他的蛋白点。其次，由于没有合适的数据库导致的鉴定效果较差，可以通过更换范围更大的数据库、近缘物种数据库、采用相关研究物种的蛋白、EST数据库等构建本地数据库的方式进行解决。

凝胶内的蛋白样品的保存、运输及对质谱鉴定影响:

如果保存时间超过一周，可以将蛋白点切取后放入-20℃或者-80℃冰箱保存；如果小于一周，则可以常温保持，基本不会影响后续质谱鉴定效果，运送时常温快递即可。

iTRAQ/TMT技术相对于电泳技术有优势:

2-DGE是伴随着MALDI-TOF技术发展起来的蛋白质分离技术，理论上可以通过等电点(IEF)和分子量(SDS-PAGE)的差异将总蛋白质逐一分开，实际情况并不理想，因为低丰度蛋白无法染色成功而看不见，蛋白翻译后修饰后偏离理论位置等等，一张2-DGE能鉴定到的蛋白质总数最多1000～2000蛋白。相较于2-DE以及DIGE等基于电泳的技术，iTRAQ/TMT分辨率高，进行的细胞样品最多有发现超过6000个蛋白，并且绝大多数蛋白都有定量和定性信息；其次iTRAQ通量高，可以一次最多完成8个样品的实验，如果使用TMT技术最多可以一次完成10个样品的实验，特别适合于多组样品间的同时比较以及生物学过程的动态检测。最后，完整实验服务中包括 iTRAQ/TMT实验中鉴定到的所有蛋白的定性和定量结果、差异筛选结果、并且免费提供差异蛋白的维恩图分析、聚类分析、热图分析、GO、Pathway、蛋白互作等生物信息学分析内容以及中英文双语的分析报告。

iTRAQ/TMT实验的主要步骤主要采用仪器，能得到数据及生物信息分析结果:

步骤包括：蛋白提取、浓度测定及SDS-PAGE凝胶检测，质检报告；蛋白酶解、同位素标记；一维色谱分离，冻干机冻干；高分辨LCMSMS质谱检测；搜库定性、定量分析；差异蛋白筛选，差异蛋白生物信息学分析；完整报告整理。

组织裂解的必须充分，否则后续结果不容易出