RIP实验为什么不能用CHIP实验代替呢？研究蛋白与重复序列的相互作用为什么用RIP不用CHIP呢？

研究蛋白与重复序列的相互作用为什么用RIP不用CHIP呢?是因为chip交联的效率可能只有5%，甚至更低。你也许错过了相当一部分的结合位点。CHIP并不像RIP那样是定量的，它无法区分RNA结合蛋白与这个或那个RNA目标的相对亲和力。

RIP是检测的跟蛋白结合那些RNA，CHIP检测的是跟蛋白结合DNA，跟DNA结合大部分为组蛋白，跟RNA结合是另外蛋白，不一样怎么代替呢。研究的方法也不一样，实验处理也不一样。

RIP实验的优化条件与ChIP实验不太相同，如复合物不需要固定，RIP反应体系中的试剂和抗体绝对不能含有RNA酶，抗体需经RIP实验验证等等。