IP后WB鉴定到目的蛋白，为什么质谱未鉴定到

一般复杂样本中蛋白种类非常多，质谱检测并不能将所有蛋白质全部鉴定到，有些丰度含量较低的蛋白在质谱结果中不一定能够完整体现；Elisa/WB相比与质谱来说灵敏度不同，前者具有放大效应，抗体会对目标蛋白有一个富集效应，所以只要选对抗体，感兴趣的蛋白基本都会被检测到；而质谱结果中，如果目标蛋白丰度较低，在组学中未检测到也是正常的，质谱检测的后期验证建议用PRM。

质谱未发现目的蛋白，通常是由于蛋白本身在样品中相对丰度较低导致，由于质谱过程中其他相对高丰度的蛋白可能掩盖部分信号、导致样品中低丰度蛋白未被鉴定。