在RNAseq结果分析图片里，PCA图可以用PLSDA图替代吗？

这个应该是可以的。发表论文时可以再拔PCA图放在supplementary中，并在结果和讨论中可以进行解释的

PCA图可以用PLSDA图替代的

在分析RNAseq数据时,使用PCA和PLSDA进行样本聚类分析都可以。

PCA是一种无监督的降维方法,可以展示样本间的整体变异模式。PLSDA是一种监督的分类方法,可以最大化不同组别间的变异。

一般来说,文章中会首先展示PCA结果,说明整体样本分布情况。如果PCA结果显示组别间区分不明显,则可以进一步进行PLSDA分析,以示不同组别可以被明确区分开。

在文章中,我的建议是:

1. 先呈现PCA结果,说明样本间整体变异趋势。

2. 再展示PLSDA结果,说明在监督条件下,不同组别可以被区分开。并给出PLSDA模型的参数指标,如R2X,R2Y,Q2等,以表明模型的解释能力和预测能力。

3. 同时需要讨论PCA与PLSDA结果的一致性及差异,以及PLSDA超参数选择的合理性。

4. 最终可以仅保留PLSDA结果,但需要在方法中详细描述模型建立过程,并讨论PCA结果。

所以,综合来说,PLSDA可以代替PCA用于样本区分,但需要谨慎解释,避免过度拟合,不能只展示PLSDA的优化结果。两者结合使用更好。