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熔链曲线图谱数据分析

相关实验:RNA SI 核酸酶作图

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小丁小波

想请教下如何把高分辨率溶解曲线的HRM图和melt峰型图做成下面这种?文献上用的是labspec5和origin8,但是数据不知如何导出

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2 个回答

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毛利小五郎的徒弟

有帮助

可以使用image做熔链曲线图谱,把数据输入后选择图谱类型,然后进行输出

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loveliufudan

有帮助

可以尝试使用R软件和相关包进行分析和图表制作。

安装R软件和相关包

首先,需要安装R软件和相关的分析包。推荐使用RStudio集成开发环境,可以更方便地管理和使用包。建议安装以下包:

"qpcR":用于高分辨率溶解曲线分析

"ggplot2":用于数据可视化

在RStudio中,可以使用以下代码安装这两个包:

install.packages("qpcR")

install.packages("ggplot2")

导入数据

将您的高分辨率溶解曲线数据导入RStudio中。您可以将数据以Excel或txt格式保存,并使用以下代码将其导入RStudio中:

data <- read.table("your_data_file.txt", header = TRUE, sep = "\t")

数据清洗和处理

根据需要,您可以对数据进行清洗和处理,例如删除无用列、填充缺失值等。

绘制图表

使用ggplot2包可以很容易地绘制高质量的图表。以下是一个简单的ggplot2代码示例,可用于绘制高分辨率溶解曲线和熔峰图:

library(ggplot2)

ggplot(data, aes(x = Temperature, y = Fluorescence, color = Sample)) +

geom_line(size = 1) +

geom_vline(aes(xintercept = MeltTemp), linetype = "dashed", size = 1) +

scale_color_manual(values = c("red", "blue", "green")) +

xlab("Temperature (°C)") +

ylab("Fluorescence") +

ggtitle("High-resolution melt curve analysis") +

theme_bw()

请根据您的数据进行必要的修改和自定义。

输出图表

使用以下代码可以将图表导出为图片或PDF格式:

ggsave("your_output_file.png", plot = last_plot(), width = 6, height = 4, dpi = 300)

ggsave("your_output_file.pdf", plot = last_plot(), width = 6, height = 4)

请注意,在上述代码中,width和height参数分别指定输出图像的宽度和高度,dpi参数指定输出图像的分辨率。

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