如何根据保守序列设计简并引物?

设计简并引物至少需要上下游各有一个保守区域， 且两个保守区域相距50~400个氨基酸残基为宜， 使得PCR产物在150~1200bp之间，最重要的是每一个保守区域至少有6个氨基酸的保守区，因为每条引物至少18bp左右。

若比对结果保守性不是很强很可能找不到6个氨基酸序列的保守区，这时可以根据物种的亲缘关系，选择亲缘关系近的物种进行二次比对，若保守性仍达不到要求，则需进行三次比对，总之，究竟要选多少序列来比对，要根据前一次的结果反复调整。最终目的就是有两个6个氨基酸且两者间距离合适的保守区域。

可以的，

1. 利用软件搜索不同物种 中同一目的基因的蛋白或cDNA编码的氨基酸序列。

2. 对所找到的序列进行多序列比对。

3. 确定合适的保守区域。

4. 利用软件 设计引物。

5. 对引物的修饰

可以，把目的SNP上下游的序列下载，就是用PRIMER设计引物的