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RDP软件参数怎么设置

相关实验:YAC 克隆的分析实验

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VeraKDGE

求助各位大佬,RDP软件分析重组时 各个算法的参数应该怎么设置,需要根据什么进行调整

 
 
 
 
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2 个回答

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土井挞克树

有帮助

我一般是按照曝光度对各个参数进行调整

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loveliufudan

有帮助

在使用RDP软件时,需要设置一些参数,以获得最佳的分析结果。以下是一些常见的参数及其设置建议:

Alignment Algorithm:选择合适的序列比对算法,如MUSCLE、CLUSTAL等,确保序列比对的准确性。

Gap striping:是否剥离序列中的间隔区,一般建议进行间隔剥离,以提高分析结果的可靠性。

Re-sampling test size:重采样测试的大小。建议设置为1000次,以获得更精确的结果。

Max parental gap length:亲代序列之间的最大间隔长度。建议设置为10-20个碱基对,以排除亲代序列之间的插入和删除事件。

Max search iterations:最大搜索次数。建议设置为100,以便进行全面的搜索。

P-value cutoff:P值截断值。建议根据具体实验情况进行调整,一般在0.05-0.01之间。

Max window size:最大窗口大小。建议设置为10个碱基对,以控制重组事件的大小。

需要注意的是,不同的参数设置会影响RDP的分析结果,建议在设置参数之前先了解研究对象的特点和分析目的,根据具体情况进行调整。此外,在分析过程中,还需要对结果进行仔细检查和验证,以确保结果的可靠性。

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