crispr-cas9测序上下游序列对不上是为什么？

两个sgRNA筛选出来的单细胞，用的是同样的引物，一个sgRNA的单细胞测序结果正常，另一个都是重叠峰。而且上下游对不起来，上游完全是杂乱峰，下游中间一段是正常的，但是我pcr产物只有三百多bp。这是为什么？