蛋白组学的组织和细胞标本处理？

蛋白组学一般选择强效裂解液，wb相对温和一些

蛋白组学样本预处理与常规Western blot (WB)有以下几点主要不同:

1. 裂解液:蛋白组学用更强裂解液,如含8-10M尿素、1%SDS等,以充分裂解细胞、溶解蛋白。WB的裂解液更温和。

2. 还原剂:蛋白组学常常需要加入还原剂如DTT,破坏蛋白间双硫键,利于解折叠。WB不需要。

3. 碱性条件:蛋白组学提取常在碱性条件下进行,有利蛋白质溶解。WB则更适合中性或弱碱性。

4. 试剂含量:蛋白组学需要的试剂量较大,以保证蛋白完全裂解。WB体积更小。

5. 去脂:蛋白组学需要去脂步骤,清除脂质对质谱分析的干扰。WB不需要。

6. 孵育时间:蛋白组学需要较长时间充分裂解。WB孵育时间较短。

7. 清除低分子物:蛋白组学需要去除低分子盐类、缓冲液等小分子。WB则不排除这些物质。

8. 定量考虑:蛋白组学需要控制提取量。WB定量要求不高。

所以两者在处理方式和考量上有一定区别。

不同裂解液配方对蛋白的溶出效率有所不同，溶出效率越差，蛋白损失越多，不同的裂解液提取到的蛋白谱有差异，最终对下游实验会产生影响。（细胞凋亡，磷酸化检测，激酶活性检测，细胞外基质，WB内参不齐，LC3指标不出等等）