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Solyc01g088580这个基因是一个转化酶抑制子(转化酶抑制子主要是细胞的细胞壁、液泡、细胞质表达),如何确定这个基因在细胞中的表达部位呢
huarenqiang5
如果你有这个基因序列,就可以直接ncbi里面blast比对,有匹配的基因。如果只有基因名称,那么基因出处应该有。基因在哪个部位表达,如果是亚细胞定位,可以使用预测软件,输入蛋白序列就可以进行预测,一般用的wolf-sport。其他的在线预测软件网上搜一下也可以找到。
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做western blot的话,可以用把细胞器分离(比如核质分离),检测靶基因在各种组分表达。
高级点的话,在细胞固定后做免疫荧光染色
土井挞克树
可以用已知序列的引物进行结合定位,应用荧光技术定位。
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确定一个基因在细胞中的表达部位,通常需要进行基因表达谱分析。这可以通过利用RNA测序数据进行实现,该数据可以通过公共数据库如NCBI Gene Expression Omnibus (GEO)、The Cancer Genome Atlas (TCGA)、ArrayExpress等获得。
以下是一些可能的方法来确定基因在细胞中的表达部位:
查询公共数据库:可以使用NCBI Gene数据库或其他公共数据库来查找Solyc01g088580基因在不同组织或细胞系中的表达数据,并确定它是否在特定类型的细胞中表达。
基因表达分析:通过分析RNA测序数据来确定Solyc01g088580基因在细胞中的表达部位。例如,可以利用基因表达谱分析工具,如RSEM、Cufflinks或DESeq2等软件,对RNA测序数据进行分析,并评估基因在不同细胞或组织中的表达水平。
基于免疫组织化学技术:可以使用免疫组织化学技术来确定Solyc01g088580基因在不同组织中的表达部位。这种方法涉及使用特定的抗体来检测特定基因在细胞和组织中的表达情况。
请注意,确定一个基因在细胞中的表达部位需要综合考虑多种因素,并使用多种技术和方法进行验证,以便得出更可靠和准确的结论。