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梅毒螺旋体感染的诊断方法

梅毒螺旋体感染的诊断方法 一、微生物流行病学概况及主要临床表现   梅毒(Syhillis)是由梅毒螺旋体(Treponema pallidum)引起的一种慢性全身性传染病.一经传染,螺旋体很快播散到全身,几乎可侵犯人体各器官,表现多种多样的类似很多疾病的临床表现,同时常时隐时现,病情变化难测,很容易造成误诊和漏诊.最早发现和论述梅毒病人的是在北美.一般认为梅毒起源于美洲.哥伦布的水手于1943年在北美染上梅毒后带回西班牙,很快在欧洲流行.后在交往中传到亚洲及世界各地,梅毒的传染途径有直接接触、间接接触和胎盘传染三种.直接接触传染又分为性直接接触和非性直接接触传染,其中性直接接触传染是梅毒传染的主要途径.此外,输血,特别是输入梅毒病人的新鲜血,也可以发生传染.一般根据梅毒传染途径不同,分为后天和先天梅毒.后天性(获得性)梅素是由皮肤或粘膜感染梅毒螺旋体而引起.其特点是症状反复出现,在疾病过程中也可以出现皮肤症状完全消退的潜伏期.根据其特点和经过,一般分为一期、二期和三期(晚期)梅毒.一期与二期梅毒传染性强,又称为早期梅毒,一般多在感染梅毒2年

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A组轮状病毒感染的诊断

A组轮状病毒感染的诊断   在腹泻病的病毒病因中,轮状病毒(Rotavirus简称RV)为主要病因,在经济发达国家,急性胃肠炎住院的婴幼儿中约1/3-1/2以上是轮状病毒腹泻,而在发展中国家,腹泻病每年造成500-1000万婴幼儿死亡,轮状病毒为主要病因,在我国,情况更加严重,我国不仅与世界其李国家要样遭受婴功儿(即A组)轮状病毒的危害,而且还受到成人腹泻轮状病毒Adult Diarrhea Rotavirus即ARV,B组)爆发流行的威胁。显然,我国比其他任何国家者更应当重视轮状病毒腹的研究。 (一)病毒特性   1.一般特性:RL属呼肠孤病毒科(reoviridae)中的一个属,1973年澳大利亚学者Bishop首先在婴幼儿急性腹泻的十二指肠超薄切片中发现其命名了由Elewett于1974提出,"Rota"在拉丁语为"车轮",因此病毒在EMF状似车轮故名。RV完整颗粒为直经70nm左右的正二十面立华对称华,核心为一个分为11个节段的双链RNA(dSRNM)基因组(genome),外面包有两层蛋白外壳。RV颗粒在粪便样本和细胞培养中以三种形式存在:一种是含有完整外壳的实宽心光滑型

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PCR技术在遗传病诊断中的应用

PCR 技术在遗传病诊断中的应用   自从1985年PCR 技术首次应用于遗传病基因诊断以来,已有近百种遗传病可用PCR 技术进行诊断和产前诊断,利用PCR 技术诊断遗传病的途径有五个,①基因突变位点 的直接检出②筛查与遗传病③④有关的点突变③遗传多态性标记连锁分析间接诊断④ 利用cmRNA逆转录为cDNA进行分析或直接分析cmRNA.   传统的基因诊断技术主要是以基因探针技术为基础而建立的一些检测方法,包括 Southerninnouthern印迹杂交,RFLP为,它们可直接分析基因的缺失和重排,亦可利 用RFLP时行连锁分析,但由于这些技术操作繁琐,探针来源困难所需设剂昂贵,且要 用同抗素.完成一项诊断需要的时间亦较长,因此难于满足临床诊断的要求.限制了它 在临床上的应用.PCR 技术是一种在体外的海促DNA合成技术,它能在短时间内将靶DNA 扩增百万倍,而且操用简便,省时,准确性也高,它不仅能直检突变基因,而且可与 其它技术结合,使其诊断的准确性几达100%.而且不同同位素操作.能最大限度的满足 临床诊断的需要.因而它已成为目前遗传病诊断的产前诊断的主要手段. 一、PCR

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PCR--引物设计原则

PCR引物设计原则 PCR引物设计的目的是为了找到一对合适的核苷酸片段,使其能有效地扩增模板DNA序列。因此,引物的优劣直接关系到PCR的特异性与成功与否。要设计引物首先要找到DNA序列的保守区。同时应预测将要扩增的片段单链是否形成二级结构。如这个区域单链能形成二级结构,就要避开它。如这一段不能形成二级结构,那就可以在这一区域设计引物。现在可以在这一保守区域里设计一对引物。一般引物长度为15~30碱基,扩增片段长度为100~600碱基对。让我们先看看P1引物。一般引物序列中G+C含量一般为40%~60%。而且四种碱基的分布最好随机。不要有聚嘌呤或聚嘧啶存在。否则P1引物设计的就不合理。应重新寻找区域设计引物。 同时引物之间也不能有互补性,一般一对引物间不应多于4个连续碱基的互补。 引物确定以后,可以对引物进行必要的修饰,例如可以在引物的5′端加酶切位点序列;标记生物素、荧光素、地高辛等,这对扩增的特异性影响不大。但3′端绝对不能进行任何修饰,因为引物的延伸是从3′端开始的。这里还需提醒的是3′端不要终止于密码子的第3位,因为密码子第

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个体配子DNA序列的PCR分析

个体配子DNA 序列的PCR分析 前言   高等生物遗传图谱的构建依赖于选择性杂交后代的分析或者通过家系分析法来计 算连锁关系。对人类而言仅后者是可行的。使用长度多态性限制片段(RFLPS)在构 建人连锁图谱方面已取得长足的进步。为了对带有与已知表现型相关的RFLP标记的基 因进行定位,首先得建立间隔约10CM的遗传标记束(平均1CM等于1%重组),这样没 有基因离标记RFLP的距离会超过5CM。可靠的统计表明家系分析能够检测的遗传间距 精确到1cM(1cM相当于1000kb的DNA 。分析更小的遗间距需要检测家族内大量的个体, 而这实际上是行不通的。   最近发展了一种不依赖遗传交叉或家系分析的方法检测遗传标记间的重组频率。 具体方法是直接决定配子(精子)的基因型是亲本型还是重组型。这通过确定两个等位 基因中哪一个存在于双杂合男性精子上的两个基因座点其中之一来完成。根据上述方 法确定的重组精子的数量被总检测精子数除就可估计出重组频率。已知聚合酶反应在 体外扩增基因能够使DNA 扩增109 倍,因此该技术有可能分析精子中单分子靶DNA 。以 这种方式研究数千个人精子就有可能构建比家

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RFLP--限制片段长度多态性

RFLP--限制片段长度多态性 限制性片段长度多态性(RFLP,Restriction Fragment Length Polymorphism)   RFLP技术于1980年由人类遗传学家Bostein提出。它是第一代DNA分子标记技术。Donis―Keller利用此技术于1987年构建成第一张人的遗传图谱。DNA分子水平上的多态性检测技术是进行基因组研究的基础。RFLP(Restriction Fragment Length Polymorphism,限制片段长度多态性)已被广泛用于基因组遗传图谱构建、基因定位以及生物进化和分类的研究。RFLP是根据不同品种(个体)基因组的限制性内切酶的酶切位点碱基发生突变,或酶切位点之间发生了碱基的插入、缺失,导致酶切片段大小发生了变化,这种变化可以通过特定探针杂交进行检测,从而可比较不同品种(个体)的DNA水平的差异(即多态性),多个探针的比较可以确立生物的进化和分类关系。所用的探针为来源于同种或不同种基因组DNA的克隆,位于染色体的不同位点,从而可以作为一种分子标记(Mark),构建分子图谱。当某个性状(基因)与某个(些)

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PCR与RT-PCR技术

PCR基础 聚合酶链式反应(PCR)过程利用模板变性,引物退火和引物延长的多个循环来扩增DNA序列。这是一个指数增长的过程,因为上一轮的扩增产物又作为下一轮扩增的模板,使其成为检测核酸的一种非常灵敏的技术。一般,经过20-30个循环得到的扩增产物就足够在溴化乙锭染色的凝胶上观察到。反应包括几个成分(表1)。模板可以为纯化的基因组或质粒DNA;由 RNA 转化得到的cDNA;或未经纯化的粗制生物样品,如细菌克隆或噬菌斑。引物确定了扩增产物的序列和长度。最常用的热稳定聚合酶是Taq DNA聚合酶。这种酶适用于常规扩增,但是使用其他热稳定聚合酶会改善结果。扩增反应还包括缓冲液,三磷酸脱氧核苷及镁离子。镁离子浓度影响酶的活性、引物退火、模板和PCR产物的熔点(Tm),忠实性以及引物二聚体的形成等。在随后的章节中将讨论这些成分、循环参数以及其他参与作用的因子相互间各种作用对于成功PCR的影响。 表1. 反应成分 Component Final Concentration Template

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DNA重组实验中常用的技术

一、质粒 DNA 的提取及鉴定   (一)质粒 DNA 的提取及鉴定 1.收获细菌 (1)将2ml含相应抗生素的LB液体培养基加入到通气良好的15ml的试管中,接入一单菌落,于37℃剧烈振荡培养过夜。 (2)将1.5ml培养物倒入1.5ml离心管中,用台式离心机于4℃以12000g离心5min,将剩余的培养物贮存于4℃。 (3)吸尽培养液,使细菌沉淀尽可能干燥。 2.碱裂解法小量抽提质粒 (1)将细菌沉淀[上述步骤(3)所得]重悬于100μl预冷的溶液Ⅰ(50mmol/L葡萄糖,25mmol/l Tris –HCl pH8.0, 10mmol/L EDTA)中,剧烈振荡。 (2)加200μl新配制的溶液Ⅱ(0.2mol/l NaOH, 1%SDS),缓和振荡,水浴5min。 (3)加150μl预冷溶液Ⅲ(50mol/L KAC 60ml, 冰乙酸11.5ml,水28.5ml),缓和振荡,冰浴5min。 (4)4℃以12000g离心5min,将上清转移到另一离心管中。 (5)可作不可作:加等量

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Pyrosequencing DNA分析系统:基因甲基化研究的最佳工

甲基化研究对于基因的 调控和肿瘤的发生有非常密切的关系。在一般正常的细胞中,基因调控区CpG岛处于非甲基化的状态。而当细胞发生癌变后,这些CG区域往往呈现甲基化状态。英国医学刊物《the Lancet》报道奥地利因斯布鲁克医学院的专家们早就可以通过检测大便中 DNA 的甲基化变化,把健康人的大便与结肠癌患者的大便区分开。大便标本中SFRP2 甲基化的程度是诊断结肠癌最灵敏的标记。研究人员发现,肿瘤的发生以及一些遗传病的出现和基因甲基化有非常密切的关系。目前 DNA 甲基化研究是肿瘤分子生物学研究的一个重要领域。 Pyrosequencing技术作为一种新的序列分析技术,能够快速地检测甲基化的频率,对样品中的甲基化位点进行定性及定量检测,为甲基化研究提供了新的途径。Pyrosequencing是一种通过合成方法进行序列分析的方法,它通过核苷酸和模板结合后释放的焦磷酸引发酶级联反应,促使荧光素发光并进行检测。这项技术曾经被用作单核苷

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樟目

樟目(Laurales) 本目包括樟科、蜡梅科、金粟兰科(Chloranthaceae)等9科,樟目是由木兰目起源较进化的类群,表现在花部定数、轮状排列,3基数,雄蕊花丝明显,心皮结合,胚珠少数等。 樟科(Lauraceae,Laurel Family) 本科约50属,2500余种,分布于亚洲和美洲热带和亚热带,主要产地为东南亚和巴西。我国产20属,400多种,多产于长江流域及其南部诸省、区,为我国亚热带常绿阔叶林的重要组成成分,其中有许多是优良木材、芳香油原料及药材。 科的特征 常绿或落叶木本,仅无根藤属(Cassytha)是无叶寄生缠绕藤本。叶及树皮有含芳香油或樟脑的油细胞。单叶互生,通常全缘,三出脉或羽状脉,无托叶。圆锥花序、总状花序或头状花序;花两性或单性,辐射对称,花各部轮状排列,多3基数;花被片6(4)枚,两轮;雄蕊9或12,花药瓣裂;子房上位,3心皮合生1室1胚珠。核果或浆果,种子无胚乳。染色体:X=7,12。花粉无萌发孔。 本科的分类主要依据花序类型、花两性或单性、花被片在花后是宿存还是脱落、第三轮雄蕊花药内向或外向、花药

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毛茛目

毛茛目(Ranunculales) 本目包括毛茛科、罂粟科、小檗科(Berberidaceae)、大血藤科(Sargentodoxaceae)、木通科(Lardizabalaceae)、防己科(Menispermaceae)等7科,这些科大多保持着离生的心皮,和木兰目有着明显的亲缘关系。从形态性状和分子性状(rbcL, atpB, 18S等)推测该目是单系的,被置于真双子叶植物群的最基部。 毛茛科(Ranunculaceae,Crowfoot Family) 本科被认为是双子叶植物中较原始的一个草本类群。广义的毛茛科包括芍药属(Paeonia)。但由于该属心皮厚革质,花有花盘,雄蕊离心发育,具外珠被,染色体X=5,含有芍药甙等与本科其它属明显不同,而单立一科(Paeoniaceae),置于虎耳草目(Saxifragales)。约50属,近2000种,广布于世界各地,多见于北温带与寒带。我国约41属,700种,分布全国各地。本科有许多经济植物,尤以药用植物较多,有些可作观赏植物,有一些则为有毒植物。 科的

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心草目

心草目(Juncales) 本目包括莎草科、灯心草科(Juncaceae)等4科。在以往的系统中莎草科大多单立莎草目,也有与禾本科共同组成莎草目(如Cronqist系统)。因与灯心草科(Juncaceae)均具秆实心、叶3列、无草酸钙结晶、染色体具弥散式着丝点等特征,Judd等人将莎草科置于灯心草目。 莎草科(Cyperaceae,Sedge Family) 本科为广布全球的一个草本大科,约120属4500多种,主产温带地区。我国有28属500多种,分布全国各地。其经济意义不及禾本科重要,但荸荠可作水果或蔬菜,有些植物可药用或供编织草席等用,然而有不少为农田杂草。 科的特征 多年生,少为一年生草本,常具根茎;地上茎(秆)多为三棱形,实心;叶基生或秆生,常排成3列;叶片条形,基部叶鞘闭合,或叶片退化而仅具叶鞘。花小,2~多朵集成小穗,单一或再排成各种花序,花序下通常有1~多枚叶状、刚毛状或鳞片状总苞片;花两性或单性,生于鳞片(颖片)的腋内,鳞片在小穗轴上2列或螺旋状排列;花被缺或

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槟榔目

槟榔目(Arecales) 本目仅有槟榔科。以往大多与天南星科等共同组成槟榔亚纲,而Judd系统则置于鸭跖草类中。 槟榔科(Arecaceae, Palm Family) 本科常称为棕榈科(Palmae),约200属,2780种,主产美洲和亚洲热带;我国约有20属70余种,主产华南。本科是热带森林景观的重要组成部分,许多种类也是热带地区重要的经济植物。 科的特征 常绿乔木或灌木,稀为藤本,茎常不分枝。叶互生,集生茎顶部,大形,掌状分裂或羽状分裂,芽时折叠,叶柄基部常扩大成纤维状的鞘。花组成分枝或不分枝的肉穗花序,外有1~至数枚佛焰苞状总苞;花两性或单性,雌雄同株或异株;花被、雄蕊均为6,分离或合生;子房上位,1~3室,每室1胚珠。核果或浆果,外果皮肉质或纤维质。染色体X=13~18,花粉2核,多数具单沟。 本科分类主要依据茎直立还是攀援、叶分裂方式、花两性或单性、花被和雄蕊分离或合生、果实类型等性状。 棕榈属(Trachycarpus) 常绿乔木,叶掌状分裂;花常单性,雌雄异株;花序为多分枝的肉穗花序或圆锥花序;花被基部

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石竹目

石竹目(Caryophyllales) 本目包括石竹科、商陆科(Phytolaccaceae)、紫茉莉科(Nyctaginaceae)、苋科、番杏科(Aizoaceae)、仙人掌科(Cactaceae)及马齿苋科(Portulacaceae)等15科。该目被认为与毛莨目有联系(通过商陆科),形态学及分子系统学都认为是一个明显单系的类群。 石竹科(Caryophyllaceae,Pink Family) 本科为世界分布的一个草本科,约70属2200种,主产北温带,尤以地中海地区较多;我国约32属300种,名地均有分布。其中有些种类为药用和观赏植物,大部分为田间杂草。 科的特征 草本,茎节常膨大。单叶对生,多线形至披针形,基部常相连合。花两性,整齐;单生或二歧聚伞花序;萼片4~5,分离或结合成筒;花瓣4~5,常有爪(瓣柄);雄蕊2~1轮,与花瓣同数或为其2倍;雌蕊2~5心皮合生,子房上位,特立中央胎座,1室或基部不完全2~5室,胚珠多数至1枚(基生)。蒴果,顶端齿裂或瓣裂。种子具各式雕纹,胚

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葡萄目

葡萄目(Vitales) 本目仅有葡萄科和火筒树科(Leeaceae)2科,被置于真双子叶植物群核心群的基部。该目被认为与蔷薇目的鼠李科和卫矛目关系密切,可能有共同的祖先(均为外轮对萼的雄蕊消失而形成雄蕊对花瓣)。 葡萄科(Vitaceae,Vine Family) 本科为分布热带和温带地区的一个多为木质藤本的中等科,约12属700多种;我国有7属约100多种,南北均有分布。其中葡萄为著名的果树,其次还有不少为药用植物。 科的特征 多为木质藤本(少为草质),具与叶对生的茎卷须。单叶掌状分裂或复叶,互生。花小,两性或单性异株,或为杂性同株,排成聚伞、圆锥或伞房花序,常与叶对生;萼微小,4~5裂;花瓣4~5,镊合状排列,分离或顶部粘合成帽状,常早落;雄蕊与花瓣同数而对生;花盘(floral disc)明显,环状或浅裂;雌蕊多为2心皮合生,子房上位,常为2室中轴胎座,每室2胚珠。浆果,种子多胚乳。染色体:X=11~14,16,19,20。 本科的分类主要依据小枝髓的颜色、卷须顶端是否有吸盘、花序类型

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罂粟科

罂粟科(Papaveraceae,Poppy Family) 本科主产北温带,多为草本,约40属,770种;我国产19属300多种,南北均产。本科植物大多含生物碱,可供药用。在Cronquist系统中,将具总状花序,花两侧对称,雄蕊定数的紫堇亚科提升为紫堇科(Fumariaceae)。 科的特征 1~多年生草本(稀为灌木),常具乳白色或黄色汁液。叶常分裂,无托叶。花单生或成总状花序;花辐射对称或两侧对称;萼片2(3),早落;花瓣4~6,2轮;雄蕊多数或4~6,分离或连合成二体;子房上位,由2至数个心皮合成一室,侧膜胎座,胚珠多数,蒴果瓣裂或孔裂。染色体:X=6~7(少为5,8,11)。花粉三沟到散孔。 本科分类依据花序类型、花辐射对称或两侧对称、花瓣是否有距或囊、雄蕊数目和果实形状等性状。 罂粟属(Papaver) 草本,具白色乳汁;单叶互生,羽状分裂;无花柱,柱头盘状;蒴果球形孔裂。约100种,我国5种。罂粟(P. somniferum L.)原产亚洲西部,未成熟果实的乳汁含马啡、可

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木兰目

木兰目(Magnoliales) 本目包括木兰科、番荔枝科(Annonaceae)和肉豆蔻科(Myristicaceae)等6科。木兰目是被子植物中较原始的一个目,其原始表现在木本、单叶、网状脉、虫媒花、花单生、花托伸长、各部螺旋状排列、花药长、花丝短、单沟花粉、胚小、胚乳丰富等。 木兰科(Magnoliaceae,Magnolia Family) 在恩格勒(Engler)系统中木兰科包括五味子、八角等属。但由于其无托叶、花托不伸长,现多数人赞同将它们分立为五味子科(Schisandraceae)和八角科(Illiciaceae),并另立八角目。约有15属,250种,主要分布于亚洲的热带和亚热带。我国有11属,100余种,主要分布于西南部及南部。本科的一些常绿乔木种类是我国亚热带常绿阔叶林的重要树种;许多种类有很大利用价值,如材用、药用、园林绿化及观赏等。本科植物起源古老,有不少是孑遗种,具有重要的科学意义,且处于濒危或稀有状态,已被列入国家重点保护植物名录。 科的特征 常绿或落叶的乔木或灌木;常

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蓼目

蓼目(Polygonales) 本目包含蓼科、茅膏菜科、蓝雪科(Plumbaginaceae)、猪笼草科等4科。被认为起源于石竹目,但种子不具外胚乳,胚为胚乳包被。 蓼科(Polygonaceae,Knotweed Family) 本科为主产北温带的一个草本科,约40属1100多种,全球均有分布。我国产14属200余种,分布全国各地。其中荞麦可供食用,大黄、何首乌、虎杖等可入药,其余大多为田间杂草。 科的特征 草本,稀为木本,茎节常膨大。单叶互生,全缘;托叶膜质,鞘状包茎,称托叶鞘(stipular sheath)。花两性,稀单性,簇生或由花簇组成穗状、头状、总状或圆锥花序;花被片3~6,花瓣状,宿存,有时在果时增大并变形;雌蕊由3(2~4)心皮合生,子房上位,1室1基生胚珠。瘦果三棱形或凸镜形,常被宿存花被包被。种子胚乳丰富,胚S型。染色体:X=6~11(7)。花粉多3核,具3孔沟至散孔。 蓼属 (Polygonum) 草本或草质藤本,稀为亚灌木,节常膨大,托叶鞘显著。花簇常组成穗状或头状花序;花被片5,常有

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杜鹃花目

杜鹃花目(Ericales) 本目包括报春花科、山茶科、杜鹃花科、柿树科、紫金牛科(Myrsinaceae)、安息香科(Styracaceae)、山矾科(Symplocaceae)、山柳科(Clethraceae)、猕猴桃科等25科。这些科以往常被分成几个目,如报春花目、山茶目、杜鹃花目和柿目等。但它们多数叶缘具山茶型(theoid)齿,即单叶脉延伸入锯齿,齿端有不透明的帽状或腺状体,且分子系统学证据支持这些科归在一个目。 报春花科(Primulaceae,Primula Family) 本科为广布全球的一个草本科,约20属1000种,以北半球为多;我国有11属约500多种,分布全国,主产西南。其中不少为著名的观赏植物,如报春花类和仙客来;有些可供药用,也有不少为田间、山坡路旁常见杂草。 科的特征 一年生或多年生草本(稀半灌木),常有腺点。单叶基生或茎生。花两性,辐射对称,花萼常5裂,宿存;花冠合瓣,常5裂,雄蕊与花冠裂片同数而对生,着生花冠上;子房上位,特立中央胎座,胚珠多数,花柱单

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无患子目

无患子目(Sapindales) 本目包括芸香科、无患子科、槭树科、楝科(Meliaceae)、苦木科(Simaroubaceae)、漆树科、橄榄科(Burseraceae)等13科。该目被认为是从蔷薇目演化而来,多数植物具复叶或分裂叶,雄蕊数目减少,下位花盘,心皮合生,每室仅1~2胚珠,成为独立的一个类群。 芸香科(Rutaceae,Rue Family) 本科为广布于热带和亚热带的一个木本科(稀为草本),约155属1000多种,主产非洲南部及澳洲。我国约29属150多种,分布全国,但以长江以南为多。其中柑桔属许多种为南方重要果树。此外,有不少药用植物和芳香植物。 科的特征 乔木或灌木(稀为草本),全体含芳香油腺,常在叶、花、果皮上呈油浸状透明小点。叶互生(稀对生),羽状、掌状或单身复叶(稀为单叶)。花两性(少单性),多为辐射对称;花萼片与花瓣均5~4枚;花盘位于雄蕊和子房之间,雄蕊常为花瓣的二倍,或多数;子房上位,4~14 室,中轴胎座。蒴果、柑果、核果,很少为翅果或浆果。染色体: X=7~9,11,13。花粉具2~3,6~8孔

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