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菌株——Ames试验的「剖析者」

1 Ames试验简介Ames试验,亦称细菌回复突变试验(Bacterial Reverse Mutation Test),于1975年由美国加利福尼亚大学伯克利分校生化系B.N.Ames教授实验室建立并不断发展完善,至今已成为国际上通用的遗传毒理评价体系的必检项目,同时也是许多遗传毒理学新兴技术发展过程中对照验证结果的试验之一,广泛应用于化合物的致突变性和潜在致癌性的初筛检验。当前,Ames试验在食品、药品、化学品、化妆品、农药 ...

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科研人的专属社群来啦!!进群抽细胞培养手册~

「丁香实验」致力于帮助科研人轻松科研,在丁香实验小程序上线后,已经汇集上万条实验 protocol、常见操作问答、科研方法文章等。除此之外,我们还希望能给科研人带来更多的交流与互助,所以我们正在筹备一个专属于科研人的社群,扫下面二维码立即加入!扫码进群,抽细胞培养手册 我们希望你能乐于分享你的知识与见解;积极表达自己的观点;友好而礼貌地讨论,尊重他人的观点!也希望能给你带来新的科研思路与学识,助力你的成长!创造一个友好的交流环境,擦出思维的火花!结识几位志同道合的朋友,伴你前行!你需要完成1、进群后仔细阅读并遵守群公告~2、进群后修改自己的备注为:昵称+研究方向PS、进群后通过群公告参与抽奖有机会获得细胞培养手册(活动截止时间:2022年5月30日)如何进群扫码添加小助手微信,会拉你进群哦~进入丁香实验小程序搜索更多实验 protocol

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经验分享|科研过程中的成与败

背景:本人即将研究生毕业,发了几篇 SCI 文章和参与发表几十篇论文,荣获过国家级奖励,主持编辑了实验室操作指南,参与主持过研究生学术活动交流,我是定向研究生(边读研边工作),而且导师是纯搞科学研究的老师,在这三年学习中,我基本学到了科学研究的真谛。因此,特借丁香园论坛与大家进行分享感受、交流经验。 一、科学研究的两个关键因素1、科研思维:我老板一直跟研究生说“一定要做 scientist,而不能做 technician”,然而这一点往往在研究生教育阶段最容易被忽视。一般都是老板提出新 idea,然后分工,每个研究生可能仅做其中某个环节或者是按照到导师的思路逐步去做,再加上研究生本身在实验操作上可能一开始就要花大量的时间去适用新环境和永远做不完的事情,可想而知,最终仅仅培养出一位“优秀技术员”,这在硕士研究生阶段尤为突出。但是,科研思维就像人体中的包含大脑的躯干,更加像是大海航行中的指南针,离开了他,最终科学研究将会停滞不前。2、实验技术:有很好的 idea,没有很好的实验条件和技能强的技术人员,科研思维也会变成“空想”。也许我们均没有国外实验室那样高顶尖的实验仪器,有的实验室还可能没

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下载的 PDF 文献应该如何命名?

科技文献的标题大多很长,不适合做文件名,那应该如何命名才能一目了然让自己知道是哪篇文献呢? 一、基本原则:你要有意识地形成一个比较高效的工作流程(workflow)也就是说,从在网上看到一篇 paper,到你日后某天要找到一篇 paper 的 PDF,整个的流程要固定,不能一会儿这样一会儿那样;也要高效,不能把太多时间就花在整这个上面。也许这是理工科思维,先花专门的时间去定义,之后就不再考虑按定义来做。即兴的做法是难以长期保证高效。你的 workflow 越是连个机器人都能完成,就越高效。越是要你用模糊智慧去想去回味去条件判断分支,就越低效。每个人会有每个人的 workflow,没有一个软件或者做法是能适应所有有的 workflow 的,这也是为什么有的人喜欢 Zotera,有的人喜欢 Papers,有的人喜欢 EndNote。这是我以下摆任何理由的前提,即:摆得出很多理由,但不代表这就是普遍正确的做法。现在我介绍一下我的做法。我的文件夹里最多有两千多篇 paper 的 PDF。我是使用 Windows 系统和 EndNote。 二、我先简单评价一下我用过的其他文献管理软件:我使用过

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如何免费下载 SCI 全文文献?

近年来 PLoS ONE 这艘超级航母的成功打造,开放存取(Open Access)更多的进入了人们的眼球,免费阅读下载全文文献的时代已经来临,当然这种方式对于读者来说,是相当幸福的,但对于发表在 OA 期刊上的原文作者来说,确实付出了一些代价,如 PLoS ONE 对于中国大陆的作者收取版面费标准为 1350 美元每篇,这在所有国际期刊中,是一个比较高的数额了。除了 PLoS ON E外,还有众多 OA 期刊,下面为大家推荐一些常用 OA 期刊检索系统: 1. DOAJ OA 期刊检索平台:DOAJ (Directory of Open Access Journal),由瑞典的隆德大学图书馆 Lund University Libraries 设立于 2003 年 5 月,从最初的 350 种期刊开始,截至 2011年 6 月,已收录开放存取期刊 6596 种, 文章超过 57 万篇。该目录收录的均为学术性. 研究性期刊,具有免费. 全文. 高质量的特点。其质量源于所收录的期刊实行同行评审,或者有编辑作质量控制,故而对学术研究有很高的参考价值。 2. High Wire Press

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SCI 文章投稿|如何处理好图片?

SCI 文章投稿最重要的莫过于图片的处理。一般杂志对图片要求:图片最低分辨率300DPI,部分杂志要求不低于 600DPI,点线图及柱状图部分杂志要求达 800DPI 甚至 1200DPI。杂志要求的分辨率是指原始图片的分辨率,经过 Photoshop 处理后修改图片的分辨率以达到杂志的要求通常是不可取的。以下介绍组图过程中的一些个人经验。 一、图片处理:图片大致包括以下 2 种:1、拍照的图片(一般是彩图,分辨率不低于 300DPI):包括显微镜下拍照、扫描仪及摄像机等所拍照片,这一部分照片就是你的第一手资料,所以拍过后可能会无法再重复,因此一定要在最刚开始时就拍成高清的(设置成高分辨率),也就是保证了原始图片的高分辨率,接下来处理图片就会比较方便,免得因为图片质量不行而重复实验。另外,必要的话,把每张图片拍成 TIF 和 JPG 两种格式(以防部分杂志特殊要求)。2、由数据生成的图(一般是黑白和点线图,分辨率不低于 600DPI):主要包括各种点线图、柱状图、饼图和各种统计图等。在此推荐一款专业作图软件 sigmaplot,该软件能满足由数据生成的任何图,且原始图片最高分辨率达到

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如何提高英文的科研写作能力?

作为一个科研工作者,在国际学术期刊上发表科研论文是与同行交流、取得国际影响的必经之路。有些国内的科学家,实验做得很漂亮,但常常苦恼于论文的写作力不从心,成为国际交流的一大障碍。本文从博主的亲身体验出发,给博士生、博士后、以及年轻的 PI 提供一个借鉴。文章最后做简短总结。我大学时的同班同学都知道,那时我的英语不算好(英语四级考试仅为“良”),写作尤其糟糕。初到美国之时,对英文环境适应得很差,读一篇 JBC 的文章要五、六个小时,还常常不理解其中一些关键词句的意思,心里压力极大。很幸运,我在约翰霍普金斯大学(Johns Hopkins University)攻读博士学位时,1991 年 4 月遇到了学兄和启蒙老师John Desjarlais。听了我的苦恼后,John 告诉我,“Spend 45 minutes every day reading Washington Post, and you will be cruising with your written English in two years”(每天花45分钟读《华盛顿邮报》,两年后你的写作能力会得心应手)。这条建议正合我意

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新手如何在一周内完成一篇 SCI 初稿?

SCI 写作,新手除了不会写,就是不愿意动笔写,导致 SCI 一直胎死腹中...除去不会写的部分,新手该怎么拒绝拖延,清清爽爽地在 1 周内完成一篇(不管是否粗糙)的初稿呢? 一、定目标凡事预则立,不预则废,既然心里有目标:1 周内(甚至 4 天)完成。怎么也得定目标,列计划,知道自己每天该完成哪些「指标」才行。首先,写作顺序:「Results」-「Introduction」-「Abstract」-「Methods」-「Discussion」(只要写完这些,其他小细节后面再说),对应难度不同,时间安排也不同。比如,4 天写作的可以大致这样安排:Results 是一篇 SCI 的主要内容,用时 1 天;Introduction 需要引用参考文献,简单 3 段落书写,加点参考文献,用时 1 天;Abstract 比较简单,半天足够,可以再补充 Figure Legend;Methods 也比较简单,就是有点繁琐,半天也足够;Discussion 是最难的,用时 1-2 天。当然,每个人擅长的 Part 不同,根据自己需求来安排就行,而且别安排太紧,比如一秒都得不到休息那种,只会徒增压力。本

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接收率高、审稿快! 这本影响因子 5分+ 的 SCI 期刊了解一下?

影响因子大于 5 分的 SCI 杂志在大多数领域可算得上是一本经典期刊,同理,发表一篇 IF > 5 分的 SCI 文章往往也不是一件容易的事儿。今天,给大家安利一款性价比高、研究领域广且影响因子大于 5 分的 SCI 期刊:《Oxidative Medicine and Cellular Longevity》。氧化应激,是指体内氧化与抗氧化作用失衡的一种状态,其在体内异常激活可参与心血管疾病、免疫疾病甚至癌症的发生与发展,因此专注于氧化应激异常现象与相关疾病研究的老师和同学们敬请看过来!期刊官方网站:https://www.hindawi.com/journals/omcl/期刊投稿链接:http://mts.hindawi.com/login/图片来源:LetPub 网站该杂志的出版和发行国家为埃及,目前由 Hindawi Publishing Corporation 出版社管理。自杂志创刊至今,其影响因子逐年升高,根据梅斯医学最新公布的 2019 年 IF = 5.076,也是 Hindawi 旗下影响因子唯一大于 5 分的杂志! 1. 期刊介绍《Oxidative M

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如何回复审稿人?这些技巧请收好!

作为朝八晚十辛勤工作的研究僧,想必不是在实验室搬砖,就是在撰写论文的路上,而 SCI 论文作为拿国奖、工作留学、晋升职称的关键凭证指标,其分量不言而喻。如果说投稿是文章被接收的一小步,那么,送审后的回复审稿人意见就是最为关键的一大步。好的回复能让论文接收 Online 指日可待,人生平步青云,今天师兄和你聊聊回复审稿人的那些事。 1. 推荐审稿人首先,我们要明白审稿人从何而来?目前国际同行评审采用方法是作者向期刊投稿,然后期刊会找 3 到 5 位甚至更多的同行专家对稿件进行审核评价,这些同行专家就是审稿人。有投稿经验的伙伴应该了解在初次向期刊投稿时,绝大多数期刊会让作者自己推荐几位审稿人,当然期刊编辑可能不会选择作者推荐的审稿人,因为期刊一般会有自己的审阅专家团,特别是一些顶刊,甚至会有「御用」审稿人,可是即便如此,在某些研究领域依然无法保证所有的投稿论文都能恰如其分的找到适合的审稿人,因此,作者推荐审稿人是必须的。首先,要端正态度,千万不要以为随便推荐几个审稿人,想着反正编辑也不认识,于是随便写几个审稿人甚至编造杜撰审稿邮箱,这是学术大忌,论文都要投稿了,这最后一步推荐审稿人当然也要

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如何做出让导师倍有面子的答辩 PPT?请收下这些锦囊...

又是一年毕业季。转眼已是5月底,经过前段时间的日夜奋斗,很多童鞋的毕业论文已经通过了外审,悬着的心放了大半。接下来的事情就是全力准备毕业答辩了。一个集实力与颜值为一体的屁屁提,不对,PPT,毫无疑问能够为你的答辩增色不少。因此,作为一个小小的前辈,笔者就来简要分享一下做出高水平答辩 PPT 的一些要点和技巧,相信对各位小伙伴们一定有所帮助。 不套用模板,借鉴即可有很多的小伙伴会套用网上下载的模板来做答辩 PPT,淘宝上一搜就会有很多模板,比如「学术答辩 PPT 模板 100 套」。尽管使用模板确实可以给我们带来很多方便,但是笔者建议大家在做 PPT 的时候,可以借鉴模板中的排版设计,但不要直接套用。模板虽然看起来十分华丽,有些还会添加酷炫的动画效果,但其实并不适合在较为严肃的毕业答辩场合使用。这些装饰会显得花里胡哨、华而不实,反而会让答辩老师觉得你不够专业,「不是学术该有的模样」。所以小伙伴们一定要记住,制作学术答辩 PPT 的重中之重是清晰直观的展现研究内容。并且就像 SCI 论文作图的要求一样,PPT 中的字体字号、图片排版和文献引用等方面均需符合学术规范。在这些基础上,再通过美化

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PubMed 检索如何查全?教你 MeSH 主题词 + 自由词大法!

如何利用 「MeSH 主题词」+「自由词」检索,查全文献? 万事都要举例才能说清,接下来科研君就用一个检索实例来为大家演示 PubMed 数据库检索的实操吧!假设我们要检索的词语是「经颅磁刺激」,英文翻译是「Transcranial magnetic stimulation」,这时候检索小白是怎么做的呢?一般来说 ta 只会打开 PubMed 数据库,在检索框里输入该关键词,然后点击「搜索」,出来的结果 19,918 篇,那科研老司机是怎么做的呢?请继续看!图片来源:PubMed 检索结果页 第一步:建立 MeSH 主题词!进入 PubMed 官网后,先往下拉,找到 「MeSH Database」,点进去后输入关键词「"Transcranial magnetic stimulation"」,再点击「Search」后就能得到我们需要的主题词、副主题词以及自由词。图片来源:PubMed 检索结果页图片来源:PubMed 检索结果页 第二步:将 MeSH 主题词,添加到 PubMed 高级检索页面点击右上角如图所示的输入框,选择「Add to search builder」,然后再点击「Se

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分享你所在领域审稿处理速度最慢的杂志和最快的杂志

一篇文章从写作到发表,往往需要很长时间,这期间包括作者写作准备稿件,以及杂志社处理稿件。大家能掌控的部分就是准备稿件,一方面可以尽早开始写,另一方面缩短写作时间。相对来说,文章一旦写完,就要开始选择合适杂志进行投稿,这一步骤不是自己完全能掌控的。有的杂志处理审稿非常快,大家都会很满意;不过好多杂志处理以及审稿过程非常慢,这会让我们焦躁不安,以至于看到本版太多的网友把稿件处理的状态帖上来,让其他人来帮忙预测接受与否的可能性,说实话,这样做,一点意义没有,纯属浪费时间,还不如早点做些功课,弄清楚相关杂志的审稿处理快慢情况,以至于心中有数。以下是站友分享的几大领域中稿件审稿处理速度最慢的几个杂志和速度相对较快的杂志,以便于后来者参考。 一、审稿速度较快的杂志:International orthopaedics骨科杂志中的迅雷!投稿后不到 1 天就 under review,之后 1 天内收到主编信件,就肯定是被拒!如果超过 1 天就是送外审了。一般审稿时间为 1 个月。International Journal of Molecular Sciences(Int J Mol Sci)挺快。

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如何撰写一篇文献综述?

文献综述(Review)是指科研工作者针对某一科学问题,通过广泛阅读文献和归纳整理的基础上,对特定科学问题的历史背景、研究现状、争论焦点和发展前景等内容进行评论的科学性论文。一篇合格的文献综述应包括「综」和「述」两个方面。「综」就是指作者必须对占有的大量素材进行归纳整理、综合分析,而使材料更加精炼、更加明确、更加层次分明、更有逻辑性。「述」就是评述,是对所写专题的比较全面、深人、系统的论述。对于从事科研的学生来说,无论是在日常的科学研究工作,还是硕博毕业论文的撰写中,研究者都无可避免的需要撰写文献综述。而面对纷繁复杂的文献,如何撰写一篇优秀的综述往往让科研小白摸不着头脑。因此,本文拟从以下几个方面谈谈综述的写作步骤及注意事项。 一、综述的写作步骤综述的撰写是在作者对拟研究的科学问题有关的原始文献进行广泛阅读的基础上进行的。因此,坚持阅读该领域的学术文献,及时跟踪前沿动态是写好综述的前提。同时,综述并不是对原始研究进行的简单堆砌,只有选题恰当、文献检索和整理全面、结构组织严谨的综述才能够撰写出一篇合格的综述。撰写文献综述一般要经过「选定题目」、「搜集整理文献」、「拟定提纲」,「撰写文章」

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SCI 写作中如何用英文准确表达出中文原意?

小伙伴们大家好!很多小伙伴在写作,尤其是英语写作的时候,由于受到中文口语的惯性思维影响,往往分不清「主」、「谓」、「宾」,「定」、「状」、「补」。其实,大多数小伙伴在写作 SCI 的时候并不需要十分清楚何为宾语、定语、状语、补语,只需要粗略地理解到「主语即是重心,谓语表示执行动作」,其他统统可以归类为「修饰语」即可。然而,今天笔者不是来分享英语语法课,而是通过实际例句来分享如何在英语写作中准确的表达中文原意。 例句 1 原意表达:在入院时,52 名肺炎患者血清中的 IL-1 水平明显高于对照组。原句: 图片来源:自己做的修改: 图片来源:自己做的修改原因:「At admission」意思为「在入院时」,而「on the day of admission」意思为「在入院当天」,前者更符合原意表达。「IL-1 levels in the serum」血清中的白介素-1 应该是句子重心,应该重点突出。「those」可以替代「IL-1 levels」,「the control group」中的「the」此处表指定对象,不能轻易省略。 例句 2 原意表达:单单比较 VAS 评分和 ROM 与

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怎样才算一篇合格的毕业论文?

时光匆匆,一年又一年,毕业的脚步近了,又到了毕业生们「不想写论文」的季节。其实大家重点关注的问题无外乎两个:如何写好和如何写快。那么读一读接下来的写作攻略,也许会对在论文写作阶段的你们有所帮助。写论文的第一步:你需要搞清楚一篇合格毕业论文的结构是什么。毕业论文的框架其实很简单,通常分为 5-6 个章节。当然每个学校的要求可能有些差异,但万变不离其宗。①论文题目;②中(英)文摘要;③目录;④正文(包括引言/绪论、文献综述、具体实验方法及结果的分析,总结和展望等);⑤参考文献等下面说一说各部分的写作: 一、摘要摘要是论文整体的一个精炼。我个人的习惯是从引言和结论中挑出主要目的和结论。从方法和结果部分挑出重点句和重要的结果。随后将找出的句子和要点依据引言、方法、结果、结论的顺序组织成一段。这样做的目的是使读者在不阅读全文的前提下,就可以获得主要信息。Tips:摘要一般不引用文献;有用到缩略语时,第一次一定要标明全称;尽量使用简单句,表达要求简单完整,避免使用口语;切忌直接用翻译软件完成英文摘要,即使使用软件辅助也一定记住要自己手动修改润色。图片来源:文献截图 二、目录虽然每个学科专业的标题和

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如何写一篇让编辑眼前一亮的 Cover Letter?

Cover Letter 对于投过 SCI 期刊的同学来说肯定不会陌生,当投稿进行到上传原始文稿的步骤时,往往需要同时上传一篇简短且充分的 Cover Letter 作为敲门砖,用来打头阵。一篇好的 Cover Letter 往往会令编辑眼前一亮,留下深刻的第一印象。由于 Cover Letter 的书写不能过于繁杂,整体篇幅要控制在 200 ~ 300 词。因此,如何利用精简的篇幅用 Cover Letter 把全部内容表述清楚且出色,也是一门学问 ! 1. 称呼Cover Letter 称呼的格式一般比较固定,其主要目的是先对杂志的编辑进行礼貌问候,随即引出下文,因此在书写的时候,格式为:Dear Editor of 「期刊名称」: 2. 写信目的Cover Letter 第一段的主要目的是对自己投稿的题目进行说明,并表明投稿立场。介绍文章题目全名并表明希望在本杂志发表文章的意愿后,要进行声明:此论文正在该杂志进行提交审议中,并且其全部或部分内容尚未以任何语言在其他杂志发表或提交;还要声明:所有的共同作者都对本论文的完成做出了重大贡献,所有作者都同意手稿的内容。该段立意的目的是避免

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如何花 4.5 个月写出人生第一篇 SCI 文章?

今年本人博士应届毕业,能按时毕业而不是延毕,听着就让人松口气。然而,去年这个时候,我连一篇 SCI 都没有,而学校的毕业要求是要一篇 5 分+一作 SCI,听着就让人压力很大……可是,能怎么办呢?导师不闻不问,甚至还「安慰」说,没事,大不了延毕一年……但凡稍微认命一点,可能都不会有真正属于自己的 5 分+一作 SCI了。所以,该挣扎还得挣扎!我给自己找的出路正是生信 SCI,有希望发表 5 分以上 SCI,做起来时间也比较快。直接找到合适的方向,再结合一点有实验平台补充点验证实验,这样生信结合基础的 5 分 SCI,听说可行性非常高,于是马不停蹄地开始找资源学习。20 年 3 月下旬的时候才听说生信(遗憾了解地确实晚了点,但只要开始都不算晚吧),然后在 PubMed 找了大量已发表的高质量生信 SCI 文章进行深入研读,大概确定了自己的研究思路后,开始边学习边实战。以下是具体学习过程和经验,希望可以帮到大家 ~ 1. 谋其上得其中,明确自己的目标我的目标是发 5 分+ SCI ,所以参考的生信文献,至少 5 分。个人的选题方向也比较明确。我定是单基因的思路,综合考虑实验室可以验证的条件

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肠微粒体在药物代谢中的应用

药物被机体吸收后,在体内各种酶以及体液环境作用下发生化学结构的改变的过程,称为药物代谢(Drug metabolism),又称生物转化(Biotransformation)。药物代谢主要在肝中进行,也发生在肠、肾、肺、血液和皮肤等器官,尤其是药物的肠代谢越来越受到人们的关注。口服药物主要经小肠和大肠吸收进入肠毛细血管床,它是药物进入体内的一条重要途径,但研究发现许多药物通过肠道时即被代谢,这种肠道的首过效应往往造成进 ...

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WB 实验大赛来了,瓜分 1000 现金!

「丁香实验」小程序上线后,已经汇集上万条实验 protocol、常见操作问答、科研方法文章等。 为了能给科研人带来更多的交流与互助,现开展一期「WB 实验大赛」。 晒出你的实验方法和结果图( beta-actin 或者其他内参均可)就有机会瓜分 1000 元现金奖! 你将会获得丰富奖金上至 500元/人、丰富的科研周边、建立个人专题打造个人 IP 、增加实验室曝光、论文引用机会! 我们希望你有着丰富的 WB 实验经验,实验优化小建议,并愿意分享自己的经验。 你需要完成1、入群参与活动,上传个人 WB 结果图与步骤2、分享个人实验页面,邀请同学、好友为你点赞! 活动参与方式扫描下方海报中的二维码,立即参赛!

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