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【讨论】如何查找融合基因的mRNA

曾经在水一方 请教各位大侠,如何查找融合基因的mRNA序列?比如说PML/RARA,可以利用Map viewer 分别查出PML和RARA的mRNA序列,然后在融合位点拼接吗?有什么可用的方法,请大家帮我推荐一下。谢谢了bingbing6612 这是问题吗?学过分子生物学的都知道曾经在水一方 让您见笑了。还请您不吝赐教。本文由丁香园论坛提供,想了解更多有用的、有意思的前沿资讯以及酷炫的实验方法的你,都可以成为师兄的好伙伴师兄微信号 ...

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【求助】转染后有mRNA没有蛋白表达

birkin 我在尝试转染某种细胞,载体是购买的商业载体(pCMV6),之前转染HEK293作为预实验,已经用WB证明有效,但是换到现在这种细胞之后就很奇怪,一开始想用短期转,结果WB做不出来,觉得可能是转染率太低,于是又改做稳定转染,用了G418筛选。花了近2个月,细胞稳定下来了,取样做RT-PCR,有相当强的mRNA表达(-RT和对照组转染也做了的,基本没有带,所以不会是污染),谁知做WB还是一点东西都没有……我都快疯了 ...

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【求助】菜鸟求助:已知靶基因,怎样筛选相关的miRNA?

64249087 菜鸟求助:已知靶基因,怎样筛选相关的miRNA?lide658 可以通过一些生物信息学数据库先找到与之可能作用的miRNA,然后根据种子序列结合的程度以及其他参数进行选择,比较常用的是targetScan.当然还有很多,最好是选择在多个预测软件都能预测到的miRNA,在或者就是针对靶基因进行处理后,做miRNA芯片,这样针对性更强,但费用较高。64249087 谢谢了!elvayal 理论上,是所有的已知基因 ...

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【求助】端粒长度检测方法

pangpangfish 小弟欲检测T细胞的端粒长度,以对比分选细胞寿命优势,鉴于经费很有限,请各位老师指导选择适宜的检测方法,主要是费用低,又比较容易实现的,先谢谢了。pangpangfish 补充一下,是小鼠的T细胞yxunm 楼主的问题解决了吗?能否告诉我有哪些备选?楼主最后选择了哪一种?P.S.实验室新手,菜鸟一只!有劳楼主!jackhui03 你好,我也想测端粒长度以及端粒酶活性,请问你找到方法了吗shylook jackh ...

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【求助】请问测了磷酸化的Rb,不测总的可以吗?

feroger 看了很多文献上测p-Rb,用的是actin做的内参,没用总的Rb,这是为什么呢kern6549 怎么能用总的Rb作为内参,看来你没有弄明白什么是内参!feroger 测磷酸化不是要和总的对照吗?像测p-AKT还要同时测总AKT,为什么很多文献上测p-Rb,而不测总的Rb呢?kern6549 为什么一定要和总的对照呢?测磷酸化的和总的意义是不一样的,你想得到哪一种信息就测相对应的一个。测磷酸化的是关心的是活化的有 ...

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【求助】检测血液中MicroRNA水平来替代心脏组织的MicroRNA水平检测吗?

marker2007 心肌组织很难拿到,请问采用检测血液中MicroRNA水平来替代心脏组织的MicroRNA水平检测吗?谢谢!woxingwosu 肯定不行的,两者不一样。marker2007 楼上版主您好,我已检测2对心脏病患者的全血MicroRNA,结果发现hsa-miR-21与hsa-miR-26b在2次实验中均升高近2倍,面对这样的结果,我有点茫然,1)不知道分析hsa-miR-21与hsa-miR-26b的功能,二者 ...

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【求助】应用什么软件能将多seq文件转换成fasta文件

luke_zou 应用什么软件能将多seq文件转换成fasta文件freecell http://www.insilicase.co.uk/Desktop/SeqToMultiFasta.aspxchenhaombb 直接把txt文件改了文件类型。luke_zou 多谢freecell!)tstsw chenhaombb wrote:直接把txt文件改了文件类型。我一般也是这么改的!daiti 这个软件帮我大忙了!本文由丁香园论坛提供,想了解 ...

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【求助】我想研究camp/PKA/CREB信号通路在糖尿病模型大鼠中的作用

天使的密码 我想研究camp/PKA/CREB信号通路在糖尿病模型大鼠中的作用,我能否用PKA抑制剂灌胃给模型鼠,但我看很多杂志上都是采用细胞培养的办法,活体试验给予这些抑制剂可以吗?没有经验,请问各位前辈。holywater 不一定是实验问题,有可能是买不起那么多的抑制剂吧kern6549 活体不能用抑制剂。可以用基因敲除小鼠。maldinilee 还是用体外细胞培养吧,同意楼上用基因敲除。tacitlee 这种方法不可行。首先 ...

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【求助】问一个关于质粒的基础问题

2425611 刚刚开始做实验 请教一个关于质粒比较基础的问题,质粒转染细胞后,是同细胞内的基因相融合后表达还是仍以质粒的环形形式存在表达?每个转染细胞内转染进入的质粒数量是怎么样的啊?这个数量和蛋白表达多少有没有关系?还有个问题是请问现在最常用的质粒转染技术是什么?菜鸟级的问题,请大家积极帮忙,多谢!!wanadoo 两种转染。 酶切,基因相融合。非酶切,环形形式存在表达。我用lipofedaminwoxingwosu 2425 ...

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【求助】关于实验小鼠购买,求助

termite42 近期做实验需要用到某一基因敲出或者过度表达的实验小鼠,不知道哪里能够购买到这种小鼠?谢谢各位指教~hebrewwolf 1.首先,问问南京模式动物所,如果那边有的话,很快就能搞定,代价一千块左右;2.其次,上JAX看看,从那边买的话,在有可供应小鼠的情况下,三到四个月可到手上,但代价可能需要3万人名币左右;3.还有,就是找具有这种小鼠的作者要,耗时和代价和从JAX买差不多。4.最后,最不济的方法就是需要自己 ...

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【求助】初学者提问;微卫星DNA重复次数只有10-60,为啥么属于高度重复序列

borderland 搞临床的,不看基础很多年。书上说,微卫星DNA重复次数10-60,为啥么属于高度重复序列,高度重复序列不是重复次数达数百万次么?应该是中度重复序列才对。请专家拍砖borderland ?????borderland ????georgeli 晕:)freecell 参考此文: http://d.wanfangdata.com.cn/Periodical_shxmsytx200404001.aspx本文由丁香园论坛提供,想了解更 ...

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【求助】能够提取组织基因组DNA然后进行RT-PCR吗

lujunping 由于条件所限,标本只能放在-20度冰箱然后集中处理。请问,是否能够从组织中提取基因组DNA,然后通过RT-PCR的方法检测疾病组和对照组目的基因的表达水平吗?常用的方法都是抽提组织RNA然后逆转录为cDNA再检测的。谢谢!wangke80 基因组DNA和RNA是两回事,楼主首先得弄明白你们的研究目的是什么。表达水平肯定要用RNA了,基因组DNA不可能反应出两者之间的所谓表达水平。lujunping 疾 ...

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【求助】如果知道某染色体的某一区域,如何知道改区域及附近编码了那些基因。

flster 如果知道某染色体的某一区域,如何知道改区域及附近编码了那些基因。如:X染色体上起始位置为72928764,终止区为 72965791的一段DNA都编码哪些基因该如何查?woxingwosu NCBI上有查基因组序列的呀,自己学习吧yake211 在 ucsc 网上查找,不过你先要搞清楚你的数据版本是 hg18 还是 hg19, 不同的版本物理位置有一定的变化。本文由丁香园论坛提供,想了解更多有用的、有意思的前沿资讯以及酷炫的实验方法 ...

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【讨论】1.24丁香园首页中PPT中的一张没有看懂,请教大家

西地兰的启迪 PPT的链接http://www.biomart.cn/experiment/430/586/587/30549.htm第十二张中,图片中有很多苹果、梨、柠檬,有些我认识是转录因子,那么这个图是要反映什么意思呢?想截个图在下面的,怎奈学校的网到了晚上真是破啊。。。。期待高手指教,谢谢噢~~~西地兰的启迪 图就是这个样子滴,还是早上的网络好,请大家帮忙看看哦~yuxiongying 说明上下游都受到多种转录因子的调控西地兰的 ...

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【求助】请教长非编码RNA的研究方法

syn2767 请教各位师兄,小弟想研究肿瘤中lncRNA-即长非编码RNA的情况,请问开始用什么方法,用芯片筛选吗,多谢freecell "研究肿瘤中lncRNA-即长非编码RNA的情况", 研究什么情况?wlh0369 我觉得应该先将lncRNA从总RNA中分离出来,再进行下一步研究yaoyao82986 你好,看到你发的这篇帖子是今年年初的,我现在也遇到和你相似的问题,请问你当时是怎么解决的?如何筛选出的lncRNA?非常感谢 ...

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【求助】SNP如何确定样本含量

happy_m_lucky 想通过直接测序的方法检测一个基因的SNP,只检测外显子、5'UTR、3'UTR区,共三十多个已知位点,对照组和病例组共394个样本,不知道样本量够不够,查了很多资料也没找到,想请教一下怎样确定样本含量,能麻烦大家帮我解答一下吗?非常感谢!yyyantopbt 可参考一下帖子:如何计算作SNP需要的病例数:http://genetics.dxy.cn/bbs/topic/8096982SNP与病例数:ht ...

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【求助】关于polyA的问题~

qingyu2010 我是分子菜鸟一只。。。查基因序列的时候发现有些基因有两个polyA,这是为啥呢?望各位师兄师姐解惑啊~苍山暮雪 基因序列没polyA吧,A尾巴是在RNA加工中添加的吧qingyu2010 呃。。。我说的是polyA signal。。。苍山暮雪 有些基因有多个polyA位点的,通过不同剪接方式产生不同的蛋白,大鼠降钙素基因神马的就是这样本文由丁香园论坛提供,想了解更多有用的、有意思的前沿资讯以及酷炫的实验方法的你, ...

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【求助】选择性剪切问题

real_madrid_146 有个选择性剪接的问题不是很懂,想请教下大家一个完整的mRNA个外显子,起始密码子在第一个外显子,终止密码子在第十一个外显子。第二个外显子选择性剪切缺失之后,随后的序列发生移码,终止密码子出现在第三个外显子了,那后面4-11个外显子还能翻译不?有没有可能后面的外显子内重新出现个起始密码子,也同样翻译?类似于原核生物的多顺反子那样。因为在genebank上可以查询到相应的序列,里面标注的 ...

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【求助】求助~过表达载体

ono1180 求助各位同道:我想过表达一个基因,想选用一个质粒载体连接此基因再转染入细胞,选用的载体需要有绿色荧光标记,而且能筛选出稳定转染的细胞系,上网查了一下觉得pEGFP系列的好像符合我的要求。请问这个载体怎么样,大家还有什么载体觉得挺好,请指教,感谢了。xiaokangkuaile 我用的是pEGFP-C1表达载体,但我的目的基因对GFP表达有影响,转染效果很差xiaokangkuaile 现在正在做其他的目的 ...

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【求助】factor-related apoptosis inducing ligand和TNF-α

wzmchxz 求助各位战友:factor-related apoptosis inducing ligand指的是什么,它和TNF-α的关系?感谢您的帮助。kern6549 你这个不完整吧,应该是tumor necrosis factor(TNF)-related apoptosis inducing ligand。这个分子简称TRAIL,与相应受体结合后能够诱导细胞凋亡。目前,诱导细胞凋亡的配体主要有TNF、FasL和TRAIL 3种。wzmchxz 感谢 ...

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