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通常连接互相匹配的粘性末端可以产生新的酶切位点。以下组合是通过计算机程序计算出来的，尽管我们希望能尽量保证其准确性，但有些未经实验证实，因此不能保证100%的可行性。如果有同裂酶存在，则只列出其中的一个酶。本表中列出的内切酶均为已商品化的内切酶。
识别序列不够严谨的内切酶(例如，识别多个序列的酶)只在括号内标出相关的序列，但注意这些酶不只切割该序列。"-"表示连接产物不能被再切割。
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