电泳中的引物问题

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引物设计

电泳中的引物问题

1) 使用3%的Agarose凝胶电泳 分析合成的引物，发现有很多条泳带，为什么?

对引物进行电泳一定要使用变性PAGE电泳 。由于引物是单链DNA，容易形成复杂的立体结构，因此进行Agarose电泳时，容易出现多条泳带，更无法用Agarose电泳进行定量了。

2)能否根据引物电泳后EB染色后条带的亮度对合成的引物进行定量?

不能。因为EB是通过嵌入到核酸的双螺旋间而使其着色的。合成的DNA分子 为单链，只有通过自身回折形成局部发夹环结构或链间形成部分双螺旋结构，才能被EB染色。由于不同引物的序列不同，形成双螺旋的能力不同，因此染色能力不尽相同，也就不能根据EB染色带的亮度来对合成的DNA进行定量。