【求助】请问gap-opening

请教分子生物高手：
gap-opening和gap-extension是什么意思呢，怎么理解？
非常感谢！

Gap opening penalty：空格罚分设置，增加一个空格就罚相应的分值，增加这一分值会降低空格出现的频率。
Gap extension penalty：空格扩展罚分，就是根据空格的长度来罚分，增加这一分值会使空格变短，末端空格不计入罚分。

参考： http://abc.cbi.pku.edu.cn/references/zhang-zhixang-mega.pdf

非常感谢，明白了，还有个问题就是这个设置是比对的时候需要做的，如果不选是不是可以呢，是不是英文文章中需要体现出来呢？如果审稿人让提供这些细节的信息，需要如何回答呢？ 再次感谢freecell，还请指教！