【求助】关于转录因子结合位点

网上有无数多的转录因子结合位点预测工具，我想问的是这些预测的位点全部是基于染色体的正链吗？因为数据库是以正链为序列的。那如果一个基因转录的模板链如果是负链的话，那转录因子结合位点的预测不是错了？

一般是根据mRNA序列来预测的。

谢谢，文献报道的全基因组转录因子位点预测如何做的呢？是要从细胞中提总mRNA，反转录测序再预测还是怎么做？

全基因组的mRNA序列好象不能直接从数据库得到吧？