芯片待测样品的选择处理

1.单通道还是双通道。一般cDNA芯片多双通道，高密度芯片多单通道。双通道注意Cy3和Cy5换标（swap），另外要考虑试验的生物重复replicates（取消个体差异）和技术重复（取消仪器差异）。

2.样品的选择。一般使用单纯的样品，而不是将样品混合，这样将减少信息量。最后最好做一个将所有样品混合起来的样品（pooled sample），作为一个对照。

3.样品处理。一般mRNA的收率为1：1000。所以每个样品大约需100mg组织，-70度保存即可。