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空间代谢组学样本切片经验

鹿明生物

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空间代谢组学(Spatial Metabolomics)结合了质谱成像(Mass Spectrometry Imaging, MSI)和代谢组学,利用离子源直接扫描生物样品成像,不仅可以鉴定上百种甚至上千种代谢物的结构和相对含量,还可以在同一张组织切片上同时分析大量代谢物的空间分布特征,为传统代谢组学分析提供了全新的可视化视角,实现对代谢物进行定性、定量、定位三个维度的深入分析。

 

相信您会关注,空间代谢组学研究切片是如何操作的?

在样本准备过程中需要注意哪些事项?

在脑、肝脏、肾脏、肿瘤、肺、心脏组织中重要检出物及检出大类占比是怎样的?

 

首先我们必须要谈的是一般做空间代谢组学必须经历的几大步骤中,其中成败的关键一定离不开切片;线上的研究资料中很少详细对空间代谢组切片关注;本篇是鹿明生物经过多年的空间代谢组学研究经历,梳理的部分切片攻略。

 

一、空代切片实验具体流程:

  1. 样本核对;
  2. 样本固定及安装;
  3. 样本修片;
  4. 确认切面;
  5. 正式样本收集;
  6. 切片检查核对;

 

二、切片技巧及原因分析、解决方案

鹿明生物空间代谢组学切片经验大放送,以下是我们整理的常见空间代谢组学中的切片问题:

 

三、做空间代谢组学的热门组织检出大类占比的形式:

以鹿明生物 AFADESI 空间代谢组学为例,常测定出空间-时间脑组织代谢物主要包含有:5-羟色胺、乙酰胆碱、GABA、多巴胺、组氨、褪黑激素等,运用鹿明生物空间代谢组学数据库鉴定脑组织中大类物质的检出占比如下图所示:

鹿明生物 AFADESI 空间代谢组学常测定出空间-时间的肝脏组织中代谢物主要有 ATP、正磷酸盐、D-葡萄糖、草酰琥珀酸盐等,运用鹿明生物空间代谢组学数据库鉴定肝脏组织中大类物质的检出占比如下图所示:

鹿明生物 AFADESI 空间代谢组学常测定出空间-时间的肾脏组织中代谢物主要有 N-乙酰组胺、磷酸丝氨酸、肌苷、果糖基赖氨酸等,运用鹿明生物空间代谢组学数据库鉴定肾脏组织中大类物质的检出占比如下图所示:

鹿明生物 AFADESI 空间代谢组学常测定出空间-时间的肿瘤组织中代谢物主要有天冬氨酸、脯氨酸、次黄嘌呤、腺嘌呤等,运用鹿明生物空间代谢组学数据库鉴定中肿瘤组织中大类物质的检出占比如下图所示:

鹿明生物 AFADESI 空间代谢组学常测定出空间-时间的肺组织中代谢物主要有L-乳酸、D-葡萄糖、水杨酸、柠檬酸盐等,运用鹿明生物空间代谢组学数据库鉴定中肺组织中大类物质的检出占比如下图所示:

鹿明生物 AFADESI 空间代谢组学常测定出空间-时间的心脏组织中代谢物主要有 D-葡萄糖、熊果苷、草酰琥珀酸盐、D-阿洛糖等,运用鹿明生物空间代谢组学数据库鉴定中心脏组织中大类物质的检出占比如下图所示:

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